运用多座位外显方差法分析荷斯坦牛候选基因与乳房炎易感性的关系

摘要

奶牛乳房炎作为奶牛疾病中发生率最高的疾病之一，一直困扰着奶牛业发展，成为影响其经济效益的主要因素之一。本试验以南方某大型奶牛场634头（其中102头患乳房炎）中国荷斯坦牛为试验材料，采用PCR-SSCP、直接测序法分析CXCR1、IL8、LF、TLR、LYZ五个基因共9个SNP位点遗传多态性，并用MPVA法分析这五个基因各位点突变及其基因型组合对奶牛乳房炎易感性的影响，并用扬州大学实验牧场的牛对模型进行验证。
　　 本研究包括以下试验:
　　 试验一:IL8、CXCR1、TLR4、LYZ和LF基因的SNP检测。
　　 试验结果表明:
　　 1.IL82789(A＞G)&2862(T＞C)位点发生连锁突变，发现三种基因型AA、KK、KA，IL8基因5'侧翼区发生G→A得突变，共三种基因型AA、AG、GG;
　　 2.CXCR1-1830(A＞G)位点发生了A→G的变异，有三种基因型AA、GG、AG;
　　 3.CXCR1-1768(T＞A)位点发生了T→A的突变，有三种基因型TT、TA、AA;CXCR1-344(T＞C)位点发生了T→C的变异，有三种基因型TT、TC、CC，783位点发生了C→A的突变，有两种基因型AA、AC;
　　 4.TLR4-226位点发生了G→C的突变，有三种基因型GG、CC、GC;
　　 5.LYZ115(T＞G)位点检测到三种基因型TT、TG、GG;
　　 6.LF-3727(C＞G)&-3717(A＞G)位点检测到三种基因型AA、TA、TT。LF基因exon(l)133(G＞C)位点发生突变，有三种基因型GC、GG、CC。
　　 试验二:多基因聚合模型的构建和应用。试验结果表明:
　　 根据MPVA的算法，编出了MPVA软件，并且运用MPVA软件运算发现CXCR1-1830、CXCR1-1768、CXCR1783、IL85'、BLFP1和LYZ六位点MSE值最大且P值大于0.5。
　　 试验三:聚合模型的验证。实验结果表明:
　　 CXCR1-1830、CXCR1-1768、CXCR1783、IL85'、BLFP1和LYZ对应的AA、TT、CC、AG、CC、TT这组基因型组合的MSE值最大，对乳房炎的易感性最强。跟当初设计模型的思路符合，MPVA可以运用于隐性乳房炎的易感性分析。这种模型为以后奶牛选种提供理论支持是可行的。