我国伤寒和甲型副伤寒沙门菌PFGE的分型研究

摘要

背景与目的：伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌是引起伤寒和副伤寒的主要致病菌，目前伤寒和副伤寒在全世界尤其在东南亚、非洲等许多发展中国家依然是一个严重的公共卫生问题。据世界卫生组织统计，2004年全球约有2160万人患伤寒，541万人患副伤寒，共导致约22万人死亡。在我国伤寒和副伤寒是重点防治的传染病之一，被列为乙类传染病。1990年以前，我国不同地区伤寒、副伤寒发病率在10／10万-50／10万之间波动，1990年以后，发病率有所降低，在4.08／10万-10.45／10万之间。但是近年出现新的流行趋势，甲型副伤寒在一些省份出现并迅速流行，在局部地区甲型副伤寒甚至超过伤寒成为优势菌感染，并表现为流行地区逐渐扩大。 在传染病的监测、暴发识别和追踪溯源方面，分子分型方法对病原学的分析有着重要的作用。脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)是分子分型的重要技术之一，它重复性好、结果稳定、易于标准化，已在分子流行病学分析中得到了广泛应用。 本研究使用PulseNet Asia Pacific推荐的基于鼠伤寒沙门菌的PFGE分型方案，初步建立了我国伤寒沙门菌的PPGE分型数据库。数据库所有的菌株为中国疾病预防控制中心传染病控制所(ICDC)保存的我国自1959年至2007年期间分离的伤寒沙门菌菌株共930株,Xba I酶切PFGE电泳后用BioNumcries(Rcrsion 4.0)数据库软件处理，构建我国伤寒沙门菌分离株的PFGE分型数据库，并进行聚类分析(UPGMA)，聚类相似性系数在41.4％-100％之间，可分为455种带型，每种带型包含1～44株菌，平均每种带型包含2株菌，38种带型在不同的省份交叉出现，而418种带型属于每个省份的独特的带型，63种带型在不同的年份交叉出现，其余的393种带型属于每个年份的独特的带型。各地之间存在着差异明显的多个克隆系，并在不同的年份出现，提示了这些分离株的变异度比较大。而有些带型在不同年份的反复出现，反应了伤寒沙门菌不断变异中的一种相对的稳定型。本数据库能够与国际实验室监测网络连接和共享，可以为我国伤寒监测分析以及国际化的伤寒预警和应急反应服务。 由于发达国家甲型副伤寒发病率很低，在0.4／10万-3.7／10万之间，多呈散发，PulseNet公布的沙门菌PFGE标准化方案主要是针对鼠伤寒沙门菌血清型。近年来，甲型副伤寒在我国和东南亚国家引起流行，在对甲型副伤寒沙门菌分离株的监测分析中，发现使用针对鼠伤寒沙门菌的PFGE分型方案在用于甲型副伤寒沙门菌的分析时，其分辨能力有限。为探索更适合于甲型副伤寒沙门菌分离株的PFGE分析程序，因此在本研究中对核酸内切酶以及PFGE电泳参数进行优化筛选，选择XbaI、Spe I和Xho I三种限制性内切酶作为选定的内切酶，在甲型副伤寒沙门菌的PFGE分子分型的几种电泳参数中，通过比较选择每种酶区分能力最强的电泳参数，并选出一种首选酶的PFGE分析过程。对于每种酶选择不同的电泳参数对甲型副伤寒沙门菌菌株进行分析，通过比较不同参数的电泳图谱获得的分辨率，选择三种酶的具有最大区分能力的电泳参数，进一步确定最佳的酶。 结论：通过对来自不同年代和不同地区的33株甲型副伤寒沙门菌进行相似度和分辨率的分类和比较分析，发现使用Xba I酶切的PFGE电泳参数1.5-29s，20h；使用印Spe I酶切的PFGE电泳参数1-20s，20h=使用Xho I酶切的PFGE电泳参数2.2-29s，20h，分辨率最高，分成的型别最多分别为17种，23种和15种。再对这三种酶进行比较，发现Spe I的分辨率最佳，由此确定甲型副伤寒PFGE最佳内切酶和电泳参数。利用该优化条件能够提高甲型副伤寒沙门菌分离株PFGE分型的分辨率，利于暴发流行的实验室监测分析。

目录

文摘

英文文摘

论文说明：英文缩略词表

声明

第一部分我国伤寒沙门菌PEGE分型数据库的建立

引言

材料与方法

结果

讨论

第二部分脉冲场凝胶电泳分析甲型副伤寒沙门菌的试验方案的优化

引言

材料和方法

结果

讨论

小结

参考文献

附图

综述 伤寒沙门菌的分子分型方法

攻读学位期间发表的文章

致谢