基因芯片法快速检测结核分枝杆菌KatG、inhA和rpoB基因突变及其与INH和RFP耐药相关性的研究

摘要

由结核分枝杆菌（Mycobacteriumtuberculosis，MTB）感染引起的肺结核(Pulmonarytuberculosis，PTB)是世界范围内的重大流行病和传染病。抗结核常规有效药物异烟肼(INH)、利福平(RFP)等对耐多药(Multipledrugresistant-tuberculosis，MDR-TB)及广泛耐药结核的治疗是无效的，对此类肺结核的早期、快速和灵敏诊断有利于临床采取有效、合理的治疗药物与方案。利用基因芯片技术对耐多药结核的诊断具有快速，灵敏和高通量等许多优点。
　　 采用罗氏固体培养法对结核分枝杆菌进行传统药敏试验;利用博奥公司生产的晶芯(○R)结核分枝杆菌耐药检测试剂盒和相关仪器通过核酸提取、PCR扩增、芯片杂交与清洗和芯片扫描，分别对结核分枝杆菌的INH和RFP耐药相关基因KatG315、inhA-15和rpoB常见突变位点进行检测和药敏判断;通过抽提结核分枝杆菌基因组DNA，采用PCR扩增KatG和rpoB基因片段，核酸电泳鉴定后进行纯化和测序;将基因芯片检测的耐药情况与传统药敏试验结果的一致性进行分析，并将基因芯片法检测的位点突变情况与DNA测序结果进行比较分析。
　　 基因芯片法的研究结果表明:(1)相对于inhA-15突变(C→T)，苏州地区结核分枝杆菌INH耐药相关基因KatG主要突变形式为(AGC→ACC)Ser→Thr(S315T)，占耐药突变总比例的96.3％;以罗氏固体培养法获得的INH耐药结果为标准，基因芯片法对菌株INH药敏检测的准确率为73.8％;以DNA测序法结果为标准，基因芯片法对KatG315突变型检测的准确率为88.9％。(2)苏州地区结核分枝杆菌RFP耐药相关基因rpoB主要突变形式为RRDR-531(TCG→TTG)Ser→Leu为主要突变形式，占检测标本rpoB-RRDR相关位点总突变的76.9％;以罗氏固体培养法获得的RFP耐药结果为标准，基因芯片法对菌株药敏检测的准确率为93.3％;以DNA测序结果为标准，基因芯片法对rpoB基因的RRDR相关位点的检测的准确率为82.4％。上述研究获得部分的结果已整理成文，并在投稿中。