白血病淋巴瘤患者分子遗传学异常与预后相关性研究

摘要

本文主要从以下几方面进行了论述。
　　第一部分 急性粒细胞白血病患者转录组研究
　　目的：(1)筛选和鉴定急性粒细胞白血病M2型不同发病阶段差异表达的基因,并对差异表达基因做GO功能分析和KEGG Pathway分析,了解差异表达基因的生物学功能,确定其参与的最主要生化代谢和信号转导途径。(2)通过将急性粒细胞白血病M2型不同发病阶段的转录组序列与人类参考基因组进行比对,分析并筛选发病相关的单核苷酸多态性位点及融合基因。
　　方法：通过高通量测序的方法对一例正常核型急性粒细胞白血病(AML-M2)患者初诊时及缓解后外周血样本进行转录组测序,应用TopHat和Bowtie软件进行读段在人类参考基因组及转录组上的定位,运行Cuffdiff程序计算转录本丰度和差异表达基因,运行DAVID程序对差异表达基因进行GO和KEGG通路的注释和富集分析;对白血病相关基因JAK1、JAK2、TET2、ASXL1、IDH2、WT1、BCR、ABL1、JAK3、GATA2、HOXA9、FLT3、IDH1表达情况进行筛选分析;利用BWA和varscan两个软件进行SNV筛选。通过对初诊时和缓解后表达基因的比较,筛选可能与白血病发生相关的单核苷酸变异(SNV),对这些突变进行分子功能及代谢通路分析。
　　结果：(1)通过对发病期及缓解期表达基因比较,筛选到4148个差异表达基因(FDR<0.05),其中上调差异基因1336个,下调差异基因2812个。差异表达基因富集于140个GO术语和26个KEGG通路,主要与免疫反应、信号转导相关。其中白血病相关基因 WT1、BCR、ABL1、JAK3、GATA2、HOXA9、FLT3、IDH1为差异表达基因。(2)通过SNV分析最终获得11个突变基因(p<0.05),包括ZRSR1、MLXIP、TLN1、LAP3、HK3等。
　　结论：(1)RNA-Seq为我们提供了急性白血病患者体内基因表达谱,通过1例AML-M2患者的治疗前和完全缓解后转录组比较分析研究,发现了白血病患者异常表达基因,为进一步探索AML的发病机制提供了新的线索。(2)急性白血病的发生和发展与患者体内的多种基因异常有关,可以表现为获得性突变(MLXIP、HK3、TLN1、ICAM-3)、差异表达(WT1、BCR、ABL1、JAK3、GATA2、HOXA9、FLT3、IDH1)、形成融合基因等多种形式。除了目前已知的基因异常外还有更多的基因表达异常尚未能被充分认识。
　　第二部分 BCL6、MYC、P53基因异常对弥漫大B细胞淋巴瘤预后的影响
　　目的：探讨BCL6、MYC、P53基因异常对弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)患者预后影响,筛选DLBCL独立的预后因素,为DLBCL患者临床预后判断及分层治疗的选择提供依据。
　　方法：收集我院2009年-2012年有完整随访资料的新诊断的DLBCL患者的病理标本65例,采用间期荧光原位杂交技术(interphase fluorescence in situ hybridization, I-FISH)分别检测患者标本肿瘤细胞BCL6、MYC重排、P53缺失情况,并结合临床指标及免疫组化结果进行多因素生存分析。
　　结果：1.BCL6重排率为21.5％(14/65),P53缺失率为35.4％(23/65),MYC重排率为7.7％(5/65)。2.MYC重排均属GCB亚型,且BCL2蛋白均为阳性,在不同Ki67水平之间具有显著差异性(P<0.05)。BCL6重排与BCL6蛋白表达之间无明显相关性。3.BCL6重排组预后明显不良(P=0.027)。COX多因素生存分析表明,性别、BCL6蛋白、BCL6重排、Ki67是IPI以外的独立预后影响因素。
　　结论：1.BCL6基因重排与BCL6蛋白表达之间无明显相关性。2.BCL6分别从基因和蛋白水平影响DLBCL患者预后,且两者均是DLBCL患者独立的预后影响因素。3.单独的MYC重排与预后无关,必需同时在基因水平或蛋白水平上分析“二次打击”对DLBCL预后影响。4.P53缺失对DLBCL患者预后无明显影响,结合文献,突变结构域可能才是真正决定P53对DLBCL患者预后影响的关键因素。

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第一部分 急性粒细胞白血病患者转录组研究

引言

材料与方法

讨论

参考文献

第二部分 BCL6、MYC、P53基因异常对弥漫大B细胞淋巴瘤预后的影响

引言

材料与方法

结果

参考文献

结论

综述

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