DNA序列特征分析及其在基因组研究中的应用

目录

声明

摘要

第一章 绪论

1．1 基因组学

1．1．1 基因组序列分析

1．1．2 基因组序列特征分析

1．2 宏基因组

1．2．1 宏基因组概念

1．2．2 宏基因组分装分析

1．2．3 宏基因组分装面对的问题与挑战

1．3 水平转移基因

1．3．1 水平转移基因概念

1．3．2 水平转移基因现象与特征

1．3．3 水平转移基因的识别方法

1．4 论文研究内容与安排

1．4．1 论文研究内容

1．4．2 论文章节安排

第二章 基因组序列组成性特征与关联性特征

2．1 引言

2．2 序列组成性特征

2．2．1 单词频率特征

2．2．2 通配单词频率特征

2．3 序列关联性特征

2．3．1 二联核苷酸相对丰度特征

2．3．2 碱基对的关联性特征

2．3．3 子串关联性特征

2．3．4 寡核苷酸内部关联性特征

2．4 序列特征分析

2．4．1 子串关联性特征分析

2．4．2 种内种间特征分布图分析

2．5 本章小结

第三章 基于序列特征的宏基因组分装方法

3．1 引言

3．2 模拟数据集与K-MEANS聚类算法

3．2．1 模拟数据集

3．2．2 分类准确率与KMEANS聚类算法

3．3 结果及讨论

3．3．1 基于序列组成性特征的分装结果分析

3．3．2 基于序列关联性特征的分装结果分析

3．3．3 基于序列组合特征的分装结果分析

3．3．4 不同类型特征分装结果综合比较

3．4 本章小结

第四章 基于序列特征的水平转移基因识别方法

4．1 引言

4．2 水平转移基因的数据与识别方法

4．2．1 HGT-DB以及选取的细菌

4．2．2 水平转移基因的识别方法

4．3 水平转移基因的识别结果与分析

4．3．1 基于序列组成性特征的结果分析

4．3．2 基于序列关联性特征的结果分析

4．4 特征距离阈值对水平转移基因的影响

4．4．1 实验方案

4．4．2 实验结果分析

4．5 本章小结

第五章 总结与展望

5．1 论文工作总结

5．2 展望

参考文献

附录

致谢

作者简介