菰（Zizania latifolia）Ty1/copia-like反转座子反转座酶序列的克隆和分析

摘要

本文作者利用Ty1/copia-like类反转录转座子转座酶的保守区域设计引物,从菰基因组中扩增得到了反转录酶基因片段序列.对扩增得到的约246bp的片断进行分离和克隆,并随机挑选了120多个克隆进行测序,得到了72条不同的序列.这些核苷酸序列组内和组间具有较大的差异,显示出其核酸序列的高度异质性.这些序列中有29条是完整的,其余的有移码突变、终止子或者是二者均有.将这些克隆的反转座子序列与来自禾谷类其它物种的相应序列进行谱系分析,发现这些克隆与来自其它种植物的相应序列的亲缘关系有一定的差异,与小麦和水稻的亲缘关系较近.Southern杂交结果显示了这些序列在几种物种中的分布情况,同样证明它们与水稻的关系近于其它禾本科物种.甲基化分析表明,反转座酶序列在菰中有不同程度的甲基化,但在水稻中均为高度甲基化.

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引 言

1、反转座子及其研究进展

1.1反转座子的结构与分类

1.2反转座子的复制与转座

1.3反转座子的活性

1.4反转座子的传递、起源和进化

1.5反转座子的分布特点

1.6反转座子在基因组和基因组进化中的作用

1.7反转座子的作用

1.8展望

2、转座子和DNA甲基化的关系

2.1 DNA甲基化

2.2 DNA甲基化的机制

2.3 DNA甲基化的作用

2.4 DNA甲基化的检测方法

2.5植物中转座子活性与其甲基化状态相关

3、本文研究的目的和意义

材料和方法

一、材料

二实验方法

1、植物基因组DNA的提取与纯化

2、DNA的纯化

3、Southern杂交分析

4、目的片断的克隆和测序分析

结果和分析

1、菰中Ty1/copia-like反转座酶序列的PCR扩增产物及分析

1.1 PCR扩增产物

1.2重组质粒中片断的筛选与回收

2、测序结果的分析

2.1测序结果的分析与系统树的构建

2.2序列分组

3、Southern杂交结果分析

3.1杂交结果

3.2甲基化分析

讨 论

结 论

参考文献

致谢