多基因异常甲基化与不同分子亚型乳腺癌关系的初步研究

摘要

目的:
　　DNA异常甲基化是乳腺癌早期发生的重要机制之一。乳腺癌是一类分子上具有高度异质性的恶性肿瘤，即使组织形态相同的乳腺癌其分子遗传学改变也不尽相同，即具有不同的分子分型。本实验的目的在于研究多个基因在不同分子亚型乳腺癌中的甲基化水平，探讨基因的甲基化与乳腺癌分子亚型的关系。
　　方法:
　　本研究从大量文献搜索中筛选了48个在乳腺癌发病通路中重要的候选靶基因，应用Access Array纳米微流体PCR芯片和第二代深度测序技术结合亚硫酸氢钠测序法，在83例的乳腺癌患者肿瘤组织及配对正常组织中分析48个靶基因的DNA甲基化水平。根据样本的不同分子亚型，在Gene水平进行了统计学分析。采用的方法为Kruskal-Wallis Rank Sum Test，并对所得P值采用了FDR的方法进行校正。
　　结果:
　　我们成功地对48个靶基因中的45个基因进行了测序，其中3个基因由于引物扩增效率问题没有结果。1、Luminal A型组、Luminal B型组、HER2过表达型组、Basal-like型组的综合甲基化水平分别为:0.054±0.036、0.060±0.035、0.034±0.033、0.017±0.016，P=0.012＜0.05，差异具有统计学意义。且Luminal A型组、Luminal B型组的整体甲基化水平明显高于HER2过表达型组、Basal-like型组。2、对45个靶基因在不同分子亚型乳腺癌中的甲基化水平分别进行统计学分析，我们发现有以下3个基因的甲基化水平在不同分子亚型乳腺癌中存在统计学差异:ADAMTSL1、PTGS2、RUNX3。
　　结论:
　　1、45个基因整体甲基化水平在不同分子亚型乳腺癌中存在差异，提示基因的异常甲基化可能在一定程度上影响乳腺癌的分子分型。
　　2、ADAMTSL1、PTGS2、RUNX3基因的甲基化水平在不同分子亚型乳腺癌中存在差异，提示其甲基化可作为判断乳腺癌分子分型的可能生物学指标。

目录

声明

摘要

符号说明

前言

1 材料与方法

1．1 主要实验仪器、试剂和耗材

1．1．1 实验仪器

1．1．2 试剂和耗材

1．2 实验对象

1．2．1 临床资料

1．2．2 靶基因的选取

1．3 实验方法

1．3．1 标本处理

1．3．2 基因组DNA提取

1．3．3 亚硫酸氢钠处理DNA

1．3．4 Access Array制备测序文库

1．3．5 MiSeq第二代测序

1．3．6 结果判定

1．3．7 统计学分析

2 结果

2．1 测序位点分析结果

2．2 同一分子亚型中不同基因甲基化水平

2．3 各分子亚型乳腺癌中45个基因整体甲基化水平的统计分析

2．4 单个基因甲基化水平在各分子亚型乳腺癌中的统计分析

3 讨论

3．1 表观遗传学与DNA甲基化

3．2 DNA甲基化与乳腺癌

3．3 DNA甲基化的检测方法

3．4 多基因甲基化与乳腺癌分子分型

4 结论

问题与展望

附表

参考文献

综述 DNA甲基化与乳腺癌关系的研究进展

致谢