MICA基因3’非翻译区和5’启动子多态性及单倍型研究

摘要

在本研究中，我们采用聚合酶链式反应-测序技术(PCR-SBT)对104名无血缘关系的北方内蒙古地区汉族健康个体MHCⅠ类链相关基因A(MHC classⅠ chain-related geneA，MICA)的3'非翻译区(3'-untranslated region，3'UTR)和5'启动子区(5'promoter region)的DNA多态性和单倍型多样性进行了分析。
　　在MICA3'UTR，该人群共检测出9个单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，SNP)位点，其位点间呈现出非常强的连锁不平衡;多态性位点组合为7种等位基因，频率范围为0.0048-0.6971，其中以UTR1最为常见(0.6971)，其次为UTR2(0.2356); UTR等位基因与MICA基因编码区（2-5外显子）共组成21种扩展单倍型;系统进化树分析显示MICA基因包括2个基本谱系，UTR1、UTR2分别与其中的一个谱系连锁，其中，UTR2与MICA*002:01、*007:01、*017、*045、*059连锁;UTR2与6种microRNA包括hsa-miR-636、hsa-miR-520f、 hsa-miR-4496、hsa-miR-873、hsa-miR-105、 hsa-miR-183在种子序列区域存在错配。MICA基因3'UTR Ewens-watterson纯合度检验符合中性选择。
　　在MICA5'启动子区，共检测到12个变异位点，包括11个单核苷酸多态性位点(SNP)和1个缺失/插入（insertion/deletion，Indel）多态性位点，各变异位点间呈现非常强的连锁不平衡。同时在此区域共发现12种MICA5'启动子等位基因，其中promoter-7最为常见(频率为0.5529)。MICA5'启动子与编码区（2-5外显子）组成26种扩展单倍型，其中9种存在显著的连锁不平衡（linkage disequilibrium，LD）。根据此人群MICA编码区和5'启动子区的系统进化分析显示，MICA基因包括两个基本谱系，每个谱系具有多个子谱系，其中MICA*008:01进一步区分为4个分支。MICA5'启动子区域Ewens-watterson纯合度检验符合中性选择。在最小的启动子中发现5个多态性位点，但均不位于转录因子结合区域内。
　　我们的研究首次在群体水平提供了MICA基因3'非翻译区(3'-untranslated region，3'UTR)和5'启动子区(5'promoter region)DNA序列遗传多态性信息。所获数据有助于阐明MICA基因的表达、转录和调控机制;结果亦有助于揭示MHC基因复合体进化规律。

目录

声明

论文说明

摘要

符号说明

前言

第一部分 中国北方汉族人群MICA基因3’非翻译区结构及多态性研究

1 材料和方法

1．1 样本

1．2 材料

1．3 方法

2 结果

2．1 MICA3’非翻译区(3’UTR)PCR扩增产物

2．2 MICA3’非翻译区(3’UTR)多态性位点及HWE检验

2．3 MICA3’非翻译区(3’UTR)连锁不平衡分析

2．4 MICA3’非翻译区(3’UTR)等位基因多样性

2．5 MICA扩展单倍型

2．6 Ewens-Watterson纯合度检验

2．7 MICA基因的进化分析

2．8 MICA3’非翻译区(3’UTR)的microRNA结合位点序列多态性

3 讨论

4 小结

第二部分 中国北方汉族人群MICA基因5’启动子结构及多态性研究

1 材料和方法

1．1 样本

1．2 材料

1．3 方法

2 结果

2．1 MICA5’启动子区(5’promoter)PCR扩增产物

2．2 MICA5’启动子(5’promoter)多态性位点及HWE检验

2．3 MICA 5’启动子连锁不平衡分析

2．4 MICA 5’启动子等位基因多样性

2．5 MICA基因扩展单倍型

2．6 Ewens-Watterson纯合度检验

2．7 MICA基因的进化分析

3 讨论

4 小结

结论

参考文献

综述 MICA基因多态性及与疾病关联的研究进展

攻读学位期间主要的研究成果

致谢