声明
摘要
本论文主要创新点
绪论
1.1 引言
1.2 计算化学理论方法
1.2.1 QM方法
1.2.2 MM方法
1.2.3 QM/MM方法
1.2.4 溶剂化计算
1.3 尿素
1.3.1 尿素与代谢
1.3.2 尿素相关研究和用途
1.3.3 尿素酶(脲酶)
1.4 前列腺素E合酶-1(mPGES-1)
1.4.1 mPGES-1与炎症
1.4.2 mPGES-1的三维结构
1.5 小结与立题思想
第二章 溶液中尿素/Me4U水解反应机理研究
2.1 引言
2.2 计算细节
2.3 结果与讨论
2.3.1 尿素的水解反应
2.3.2 Me4U的水解反应路径和自由能能垒
2.3.3 与可用实验值的比较以及对尿素水解反应常数的最佳预估
2.3.4 结论
第三章 溶液中尿素消去反应机理研究
3.1 引言
3.2 计算方法
3.3 结果与讨论
3.3.1 尿素的单分子消去反应
3.3.2 单个水分子辅助参与的尿素消去反应
3.3.3 尿素在酸性条件下的消去反应
3.3.4 HNCO的水解反应
3.3.5 NH2COOH的分解反应
3.3.6 酸催化的NH2COOH分解反应
3.3.7 NH2COO-分解反应的讨论
3.3.8 反应速率常数和反应能垒
3.4 本章小结
第四章 QM方法研究辅因子GSH存在时PGH2异构化为PGE2的反应机理
4.1 前言
4.1.1 mPGES-1的结构
4.1.2 mPGES-1与COX-2
4.2 计算细节
4.2.1 计算方法
4.3 结果与讨论
4.3.1 机理提出
4.3.2.反应路径
4.4 本章小结
第五章 QM/MM方法研究mPGES-1催化PGH2异构化为PGE2反应机理
5.1 前言
5.2 结算细节
5.2.1 QM/MM计算
5.2.2 mPGES-1催化PGH2异构化为PGE2的基本反应途径
5.2.3 反应前络合物(ES)mPGES-1-PGH2-GSH的形成
5.2.4 过渡态(TS)的形成
5.2.5 反应产物(P)
5.2.6 能垒
5.3 本章小结
第六章 全文总结
参考文献
附录
附录Ⅰ:攻读博士学位期间发表和待发表论文情况
致谢