藏羚、藏绵羊、藏山羊mtDNA D-loop区序列变异与系统发生关系的研究

摘要

藏羚是中国特有的珍稀野生物种,其生存安全日益受到人们的关注.该文通过对藏羚线粒体DNA的D-loop区段的序列分析,并与近缘、有相似生活环境的藏绵羊和藏山羊的相应区域进行比较研究,为明确三者之间的亲缘关系及藏羚的分类地位,开展进一步的相关研究奠定了基础,并给藏羚保护策略的制订提供科学依据.该研究得出了如下结果:1.在变异程度很高的D-loop区设计了可在羊亚科动物中通用的高效引物,为下一步相关研究奠定了基础.2.获得了藏羚与藏绵羊、藏山羊的D-loop区全长的序列信息,藏羚这一区段全长为1067bp,藏绵羊与藏山羊的分别长为1181bp(或1106bp)和1211bp左右,与已有报道的其它绵羊和山羊的长度一致.3.发现了藏绵羊D-loop区长度的差异是由于区内的串联重复序列数目上的差异造成,藏绵羊有A型(3个重复)、B型(4个重复)和AB型三种类型的个体.4.首次发现藏羚D-loop区的HV I区内也存在许多牛科动物都存在的75bp的串联重复序列,重复序列数目为2个.5.初步探讨了重复序列的变异可能是复制过程中的滑动错配造成,异质性现象产生的原因可能是父系遗传的影响.6.根据群内核苷酸多样度以及群间的遗传距离分析,认为藏绵羊的两个地方类型和藏山羊的四个地方类型在分类学上还不能作为六个地方品种,若对它们进行保种,可将几个地方类型合并起来保护.7.藏羚与藏绵羊的分歧时间为591万年,与藏山羊的分歧时间为781万年,藏绵羊与藏山羊的分歧时间为769万年.8.藏羚在分类学上应划入牛科的羊亚科,而不是将它分到羚羊亚科.

目录

摘要

ABSTRACT

1.文献综述

1.1引言

1.2羊的起源、驯化和演变

1.3本研究群体简介

1.4羊的遗传多样性研究进展

1.4.1生物学研究

1.4.2细胞遗传学研究

1.4.3血液蛋白质多态的研究

1.4.4 DNA分子水平多样性的研究

1.5线粒体DNA在遗传进化方面的研究

1.5.1线粒体DNA的特性

1.5.2线粒体DNA及D-loop区在动物遗传多样性及系统演化中的应用

1.6线粒体DNA序列分析方法

2.研究的目的和意义

3.材料与方法

3.1样品采集

3.2主要仪器、试剂和溶液的配制

3.2.1主要仪器

3.2.2主要试剂

3.2.3主要溶液的配制

3.3基因组DNA的提取与检测

3.4目标DNA片段的扩增和测序

3.4.1目标DNA片段的扩增

3.4.2 PCR产物的回收、纯化与测序

3.5数据统计分析

3.5.1测序序列的拼接

3.5.2序列分析与系统发生树的构建

4.结果

4.1三个物种的D-LOOP HV Ⅰ区的扩增结果

4.2 HV Ⅰ区重复序列分析结果

4.3 D-LOOP全长序列特征

4.4三个物种的核苷酸多样性

4.5群内遗传距离

4.6群体的系统发生关系

4.6.1群间的Fst值与基因流

4.6.2群间的净遗传距离与分歧时间

4.6.3 Kimura双参数法构建的NJ系统发生树

4.6.4 Taj i ma-Nei距离法构建的NJ系统发生树

5.讨论

5.1关于羊科动物MTDNA几个区段的引物

5.2长度异质性现象

5.3 D-LOOP区长度多态原因的探讨

5.4异质性形成的原因

5.5关于三个物种的遗传变异

5.6三个物种的种群结构与系统发生关系

5.7关于藏羚的分类地位

6.小结

6.1本研究的初步成果

6.2本研究的创新点与特色

6.3本研究的不足之处

6.4关于进一步的工作

主要参考文献

致 谢