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缩略语表
1 引言
1.13C技术:三维基因组的研究起点
1.23C技术的早期衍生版本:4C技术、5C技术等
1.3 HiC技术及其衍生技术:高通量时代
1.4 ChIA-PET:3C技术与ChIP-seq技术的融合
1.5 研究目标和意义
2 HiC及其衍生技术的数据分析和噪声评估
2.1 数据来源和计算方法
2.1.1 原始测序数据的处理方法
2.1.2 序列比对信息的筛选流程
2.1.3 HiC衍生技术系统偏好的评估方法
2.24C-seq数据筛选结果统计
2.34C-seq技术的实验可重复性
2.44C-seq技术的噪声分析
2.4.14C-seq技术系统偏好的因素
2.4.24C-seq技术系统偏好的评估
3 改进的基因组三维结构建模方法
3.1 基于约束数学优化的基因组三维结构建模
3.2 数据来源和计算方法
3.2.1 基因组的数学表示
3.2.2 全基因组交互频率信息的归一化
3.2.3 基于约束的数学优化策略的实现
3.3 改进的基因组三维结构建模方法
3.4 改进的基因组三维结构建模方法的评价
4 基于HiC及其衍生技术的基因调控研究
4.1 数据来源和计算方法
4.1.1 基因共表达能力的表征
4.1.2 代谢通路中各基因间平均交互频率的计算方法
4.2 基因共表达能力与染色质交互间的关系
4.3 基因的功能相关性与染色质交互间的关系
4.3.1 各代谢通路中基因间的平均交互频率
4.3.2 基因参与的代谢通路的数量与基因交互频率的关系
5 总结论
6 展望
参考文献
发表论文
致谢