蛋白质相互作用及序列数据的可视化

摘要

数据可视化是利用计算机技术以及图像处理技术，将抽象的数据转化成具体的图像显示出来，并进行交互处理的理论，方法和技术。随着人们在基因组学、代谢组学和系统生物学等为代表的各类生命科学研究领域的不断拓展深入，以及测序技术的不断发展完善，大量的核酸、蛋白质序列、基因以及蛋白质结构功能等数据正以十分惊人的速度增长。这些数据蕴含了不可估量的有价值的生物学信息。而如何有效利用这些宝贵的信息资源成为了摆在研究者面前的一个难题。尤其是具有错综复杂的关联信息的生物学数据，是十分抽象的。但针对性的可视化研究，有利于研究者们对复杂而且抽象的生物学数据进行更有效率的、多维度的观察，从而获取关键性的信息。
　　本研究主要内容包括：⑴以蛋白质互作网络数据为材料，归纳出一套可行的可视化方案，并提出改进措施。完成数据的在线展示。⑵提出了一种适用于互作网络等基于模块化，包含层级关系的数据的可视化作图方案。⑶利用Circos工具对ZS97和MH63两个水稻品种的基因组数据进行可视化分析。

目录

声明

1 前言

1.1 生物学数据的现状

1.2 数据可视化

1.3 数据的特征以及可视化方法

1.3.1 数据的特征分类

1.3.2 数据可视化的现状

1.4 研究目的和主要内容

2 蛋白质相互作用网络可视化

2.1 典型的互作网络

2.2 蛋白质相互网络可视化过程以及布局策略

2.2.1 蛋白质互作网络可视化构建过程

2.2.2 蛋白质互作网络布局以及改进策略

2.3 模块化数据可视化修饰方案

2.3.1 模块元件以及色阶维度

2.3.2 方案的应用

2.4 基于Cytoscapeweb的在线蛋白质互作网络可视化平台

3 序列相关数据可视化

3.1 序列信息可视化工具

3.2 Circos实现基因组对比可视化分析

3.2.1 材料以及数据

3.2.2 利用Circos实现可视化流程

4 总结与展望

参考文献

附录 1

附录2

致谢