声明
论文说明
摘要
缩略词表(Abbreviation)
1前言
1．1研究问题的由来
1．2猪早期胚胎发育概述
1．2．1猪早期胚胎发育历程
1．2．2猪早期胚胎发育相关的研究进展
1．3 SCNT和ICSI两种技术概述
1．3．1 SCNT技术简介
1．3．2 ICSI技术简介
1．4细胞核重编程概述
1．5单细胞转录组测序概述
1．6 PAS概述
1．6．1 PAS的形成
1．6．2 PAS影响基因表达的机制
1．6．3猪中PAS研究进展
1．7 LncRNA概述
1．7．1 LncRNA的特征及分类
1．7．2 LncRNA的功能及调控方式
1．7．3 LncRNA与猪的早期胚胎发育
1．8不同物种间早期胚胎发育过程中转录组变化的研究现状
1．9研究目的和意义
2材料与方法
2．1技术路线
2．2材料
2．2．1主要试剂
2．2．2主要仪器设备
2．2．3主要软件
2．2．4主要网站和数据库
2．3方法
2．3．1卵母细胞的采集与体外培养
2．3．2供体细胞的准备
2．3．3 ICSI操作流程
2．3．4 SCNT操作流程
2．3．5单细胞样品的获取
2．3．6单细胞RNA的提取
2．3．7 RNA质量检测
2．3．8 RNA-seq测序文库构建
2．3．9测序数据质量评估
2．3．10测序数据过滤
2．3．11测序数据比对及转录本组装
2．3．12基因表达水平计算
2．3．13 PAS鉴定及注释
2．3．14 PAS数量和基因可变剪切数量及基因表达量的关系
2．3．15 PAS利用率
2．3．16 LincRNA鉴定
2．3．17差异表达分析
2．3．18共表达网络分析
2．3．19物种间保守性分析
2．3．20 GO富集分析
2．3．21 KEGG Pathway分析
2．3．22引物设计及Q-PCR验证
3结果
3．1数据前期处理
3．1．1单细胞样品的制备
3．1．2测序数据的产出与质控
3．1．3测序数据的比对
3．1．4转录本的组装与定量
3．1．5样品间重复性评估
3．2 ICSI组内各时期转录组分析
3．2．1样品聚类分析
3．2．2相邻时期间差异分析
3．2．3 ZGA前期上调基因的功能富集分析
3．2．4相邻时期间差异表达基因的聚类分析
3．3早期胚胎发育过程中可变剪切基因的分析
3．3．1可变剪切基因的鉴定
3．3．2各时期均表达的可变剪切基因的功能富集分析
3．3．3可变剪切基因的表达特征
3．3．4 ICSI组内主要ZGA时期转录本差异分析
3．4早期胚胎发育过程中PAS的分析
3．4．1全基因组PAS的鉴定
3．4．2 PAS数量和基因表达量的关系
3．4．3 PAS数量和基因可变剪切数量的关系
3．4．4 ICSI组内主要ZGA时期PAS差异分析
3．5早期胚胎发育过程中lincRNA的分析
3．5．1全基因组lincRNA的鉴定
3．5．2 LincRNA特征分析
3．5．3相邻时期间lincRNA差异分析
3．5．4相邻时期间差异表达lincRNA的聚类分析
3．5．5 LincRNA共表达网络分析
3．5．6 LincRNA功能预测
3．5．7核心lincRNA鉴定及功能分析
3．6四个物种早期胚胎发育过程的比较
3．6．1物种间母系基因和合子基因保守性比较
3．6．2四个物种早期胚胎发育各时期之间基因表达的相似性分析
3．7利用SCNT和ICSI技术得到的不同胚胎发育模式的比较
3．7．1 SCNT组合子期早期重编程基因分析
3．7．2 SCNT组内样品聚类分析
3．7．3 SCNT组内相邻时期间差异分析
3．7．4 SCNT组内相邻时期间差异表达基因的聚类分析
3．7．5 SCNT和ICSI组间差异分析
3．7．6 SCNT和ICSI组各时期之间基因表达的相似性分析
3．7．7 SCNT和ICSI时期特异性表达基因比较
3．7．8胚胎发育相关基因在两组胚胎发育过程中表达情况的比较
4讨论
4．1猪早期胚胎发育过程中转录组的变化规律
4．2可变剪切参与猪早期胚胎发育的调控
4．3 PAS参与猪早期胚胎发育的调控
4．4 LincRNA参与猪早期胚胎发育的调控
4．5四个物种早期胚胎发育过程中转录组变化规律的比较
4．6 SCNT技术效率较低潜在原因的讨论
5小结
5．1本研究的主要结果与结论
5．2本研究的创新点与特色
5．3本研究不足之处与进一步工作的建议
参考文献
附录
攻读学位期间撰写论文及专利题录
致谢
