基于罕见变异体的全基因组关联分析方法研究

摘要

个体的发病率是由常见变异体与罕见变异体共同复合决定的.下一代基因测序技术生成高维数据，这些数据允许一个近乎完整的遗传变异估计.下一代基因测序技术也有显著的局限性:高错误率、罕见变异体的丰富和大比例的缺失值.迄今，全基因组关联检验已经成功的识别常见变异体与复杂性状的关联.然而，所识别的变异体只能解释一小部分的遗传.缺失的遗传信息的一个潜在来源是罕见变异体的贡献.
　　目前，大多数现有的罕见变异体关联分析的方法都是检验带有不同加权方案的变异体的加权组合的效果.本文中，基于最优权重，我们提出结合最优权重与折叠的方法.它适用于定量和定性性状，允许协变量，并对因果变异的影响方向是稳健的.大量的模拟研究表明本文方法的合理性和有效性.

目录

摘要

第1章 绪论

1．1 课题背景及意义

1．2 国内外研究现状及分析

1．3 本文的主要研究内容

第2章 预备知识

2．1 遗传学的基本概念与原理

2．2 哈代-温伯格平衡定律

2．3 遗传模型

2．4 连锁不平衡与关联分析

第3章 罕见变异体关联分析方法

3．1 单标记检验方法

3．2 CMC检验方法

3．2．1 多标记检验方法

3．2．2 折叠方法

3．2．3 结合多元与折叠方法

3．3 本文的结合最优权重与折叠方法

3．3．1 不基于协变量的最优权重方法

3．3．2 基于协变量的最优权重方法

3．3．3 结合最优权重与折叠方法

第4章 模拟研究

4．1 模拟试验

4．2 模拟结果

结论

参考文献

致谢

攻读学位期间发表的学术论文

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