赤眼鳟遗传多样性的RAPD和ISSR研究

摘要

本文以赤眼鳟勋ualiobarbus curriculus为对象，分别以丹江口水库、青龙湖和宿鸭湖水库野生群体为材料，采用RAPD和ISSR技术对其遗传多样性进行了分析和比较。主要研究结果如下： 1.利用RAPD标记技术，分别分析了3个野生群体内的遗传多样性及群体间的差异。用12个RAPD引物对丹江口水库、青龙湖、宿鸭湖水库三个群体各15、13、15个个体的基因组DNA进行扩增，分别获得103、46、72个重复性好且带谱清晰的位点，片段大小在100～3000bp之问，其多态位点比例分别为74.76％、54.32％和63.91％，群体内平均遗传距离分别为0.3423、0.2144和0.2328；选出7个引物对3个群体的扩增产物进行检测，共获得88个位点，平均多态位点比例丹江口水库群为71.59％，青龙湖和宿鸭湖水库群体都为61.36％。分析群体问遗传距离，结果表明，丹江口水库与青龙湖群体之间的遗传距离最远(0.5816)，丹江口水库群体与宿鸭湖水库群体间的遗传距离次之(0.5485)，青龙湖与宿鸭湖水库群体之问的遗传距离最近(0.0436)。4个引物(S1111、S1114、S1116、S104)在丹江口水库群体中有特异性扩增条带。 2.利用ISSR标记技术，分析了3个野生群体内的遗传多样性及群体间的差异。用10个ISSR引物对3个群体各15、13、15个个体的基因组DNA进行扩增，分别获得94、66、67个重复性好且带谱清晰的位点，片段大小在100～3000bp之间，其多念位点比例分别为91.49％、51.53％和50.72％，群体内平均遗传距离分别为0.4507、0.1921和0.1607；10个引物对3个群体的扩增产物进行检测，共获得105个位点，平均多念比例以丹江口水库群体最高(82.86％)，青龙湖群体次之(73.33％)，宿鸭湖水库群体最低(70.48％)。分析群体间遗传距离，结果表明，丹江口水库和宿鸭湖水库群体之间的遗传距离最远(0.3139)，丹江口水库和青龙湖群体之间的遗传距离次之(0.2101)，青龙湖和宿鸭湖水库群体之间的遗传距离最近(0.0584)。 两种分子标记利用TFPGA软件中的UPGMA进行聚类分析，结果都表明：青龙湖群体与宿鸭湖水库群体遗传距离最近，先聚在一起，其次是丹江口水库群体。

目录

文摘

英文文摘

声明

1引言

1.1遗传多样性的含义

1.2遗传多样性检测方法的发展

1.2.1形态学标记

1.2.2细胞学标记—染色体多态性

1.2.3同工酶标记

1.2.4分子遗传标记

1.3本研究中的目的和意义

2材料与方法

2.1试验材料

2.1.1试验动物

2.1.2主要仪器

2.1.3主要试剂

2.2实验方法

2.2.1主要溶液的配制

2.2.2基因组DNA的提取与定量

2.2.3引物的筛选及PCR反应条件的优化

2.2.4 RAPD扩增

2.2.5 ISSR扩增

2.2.6扩增产物检测

2.2.7数据分析

3结果

3.1DNA模板质量的检测及浓度调整

3.2 RAPD和ISSR引物筛选

3.3 RAPD反应条件的优化

3.4 ISSR反应条件的优化

3.4.1退火温度对ISSR扩增的影响

3.4.2 Taq DNA聚合酶浓度对ISSR扩增的影响

3.4.3镁离子浓度对ISSR扩增的影响

3.4.4 dNTPs浓度对ISSR扩增的影响

3.4.5引物浓度对ISSR扩增的影响

3.4.6模板浓度对ISSR扩增的影响

3.5赤眼鳟三群体内的DNA扩增

3.5.1 RAPD的扩增

3.5.2 ISSR的扩增

3.6赤眼鳟三群体间的DNA扩增

3.6.1RAPD的扩增

3.6.2 ISSR的扩增

3.7个体间遗传关系的测度

3.7.1 RAPD技术个体间遗传关系的测度

3.7.2 ISSR技术个体间遗传关系的测度

3.8三群体间遗传距离的测度及聚类分析

3.8.1RAPD技术对三群体间遗传相似系数和距离的测度

3.8.2 RAPD技术对三群体间的聚类分析

3.8.3 ISSR技术对三群体间遗传相似系数和距离的测度

3.8.4 ISSR技术对三群体间的聚类分析

4讨论

4.1实验的稳定性

4.1.1影响RAPD-PCR的因素

4.1.2影响ISSR-PCR的因素

4.2赤眼鳟群体中主要微卫星序列

4.3赤眼鳟群体内的遗传多样性

4.4赤眼鳟种群间的遗传多样性

4.5 RAPD与ISSR的比较

4.6 RAPD标记的SCAR转化

4.7野生赤眼鳟遗传资源保护及利用

5结论

参考文献

致谢

攻读学位期间的科研成果