头束霉及其近似属的分子系统学研究

摘要

头束霉属及其近似属均隶属于小囊菌科(Microascaceae)。该类群真菌在自然界分布极为广泛，其中大多数来自于土壤和空气中，也有从人类临床上分离得到的，亦或是某些昆虫、动物甚至人类的致病菌。目前，国内对于小囊菌科的鉴定主要是以形态学特征为主，缺乏系统的分子生物学鉴定依据。长期以来人们对头束霉属及其近似属小囊菌属、帚霉属等的分类地位存在很多争议。
　　本研究为了澄清中国头束霉属及其近似属小囊菌属、帚霉属等分类上的疑难问题，对采集自河南、山东、江苏、湖北等地的800多份土样进行分离鉴定，同时从山东农业大学张天宇老师课题组收集到部分菌株，共获得中国的头束霉属菌株63株，有11株是该属的模式菌株;其它近似属菌株19株，有2株模式菌株。通过利用核糖体内转录间隔区(ITS)，β微管蛋白（β-tubulin）和延伸因子(EF-1α)三个基因位点，结合网上获得菌株序列，对101株头束霉属菌株和88株其它近似属菌株进行系统发育分析。结合形态学与分子系统学结果表明，本研究共鉴定出头束霉属及其近似属27个种，包含6个新种，2个新组合，6个中国新纪录种（测序菌株均已上传NCBI并获得GenBank号）。其中，头束霉属共14个种，包含4个新种，1个新组合，1个中国新纪录种，另对中国头束霉9个模式种做出修订。4个新种:海南头束霉Cephalotrichum hainanense sp.nov、拟具疣头束霉Cephalotrichum verrucisporioides sp.nov、长梗头束霉Cephalotrichum longisynnematum sp.nov、拟小孢头束霉Cephalotrichum pseudomicrosporum sp.nov;1个新组合:长树梗头束霉Cephalotrichum longipes comb.nov;1个中国新纪录种:纤细头束霉Cephalotrichum tenuissium;9个修订种:将大孢头束霉Cephalotrichum macroaporus、土壤头束霉Cephalotrichum terricola、柱孢头束霉Cephalotrichum cylindrosporus、长颈头束霉Cephalotrichum longicollum、矩孢头束霉Cephalotrichum oblongum归为紫棕头束霉Cephalotrichum purpureofuscum，将螺纹头束霉Cephalotrichum spiralis和疣孢头束霉Cephalotrichum verrucisporum合并为一个种，将Cephalotrichum lignatile归为粗壮头束霉Cephalotrichum robustum。在小囊菌属中建立1个新种，1个新组合，3个中国新纪录种。新种:球孢小囊菌Microascus globosporum sp.nov;新组合:具瘤小囊菌Microascus verrucifera comb.nov;3个中国新纪录种:黑孢小囊菌Microascus melanospora、紫灰小囊菌Microascus atrogriseus和具疣小囊菌Microascusverrucosus。在无孔小囊菌属和云南菌属中各发现1个中国新纪录种:黑无孔小囊菌Pithoascus ater和史密斯云南菌Yunnania smithii。此外，基于LSU和ITS两个基因进行系统发育分析并结合形态学鉴定，证明分离自枯枝落叶上的一株菌是暗棒束孢属1个新种:多变暗棒束孢Phaeoisaria diversia sp.nov。通过分子系统学和形态学相结合分析结果证实了Cephalotrichum、Doratomyces、Trichurus这三个属应属于同物异名属。

目录

声明

摘要

1 文献综述

1．1 土壤真菌的研究意义

1．2 头束霉属的研究概况

1．2．1 头束霉的研究意义

1．2．2 头束霉属的研究进展

1．3 帚霉属、小囊菌属的及其它近似属的研究概况

1．3．1 帚霉属、小囊菌属及其它近似属的研究意义

1．3．2 帚霉属、小囊菌属及其近似的的研究进展

1．4 暗棒孢属的研究概况

1．5 分子系统学研究中常用的基因片段

1．5．1 核糖体基因(rDNA)

1．5．2 微管蛋白基因(β-tubulin)

1．5．3 延伸因子(EF-1α)

1．5．4 多基因序列分析

2 引言

3 材料与方法

3．1 实验材料

3．1．1 土样的采集与菌种的来源

3．1．2 实验所用培养基

3．1．3 实验所用仪器与试剂

3．2．1 土样的处理

3．2．2 玻片的制作

3．2．3 属、种的观察、鉴定及描述

3．2．4 土壤真菌的单孢分离

3．2．5 菌种的保存

3．3 分子系统学研究方法

3．3．1 DNA提取

3．3．2 扩增PCR引物、体系及循环

3．3．3 PCR产物的检测

3．3．4 基因DNA序列的测定

3．3．5 数据处理方法

4 结果与分析

4．1．1 尖孢头束霉

4．1．2 树头头束霉

4．1．3 螺旋头束霉

4．1．4 贵州头束霉

4．1．5 海南头束霉

4．1．6 长梗头束霉

4．1．7 长树梗头束霉

4．1．8 小孢头束霉

4．1．9 紫棕头束霉

4．1．10 拟小孢头束霉

4．1．11 粗壮头束霉

4．1．12 纤细头束霉

4．1．13 拟具疣头束霉

4．1．14 具疣头束霉

4．2 小囊菌属、帚霉属及其近似属种的描述

4．2．1 紫灰小囊菌

4．2．2 中华小囊菌

4．2．3 番红花小囊菌

4．2．4 球孢小囊菌

4．2．5 黑孢小囊菌

4．2．6 纤细小囊菌

4．2．7 具瘤小囊菌

4．2．8 疣凸小囊菌

4．2．9 黑无孔小囊菌

4．2．10 车叶草帚霉

4．2．11 短柄帚霉

4．2．12 史密斯云南菌

4．3．1 多变暗棒束孢

4．4 分子系统学分析

4．4．1 头束霉属的分子系统学分析

4．4．2 小囊菌属、帚霉属及其近似属的分子系统学分析

4．4．3 暗棒束孢属的分子系统学分析

5 结论与讨论

5．1 结论

5．2 讨论

参考文献