中国猕猴华北亚种与日本猕猴疾病基因比较

摘要

在生物医学基础研究和应用研究中，由于在基因和生理上类似于人类，恒河猴(Macaca mulatta)及其密切相关的物种食蟹猴(M.fascicularis)、台湾猕猴(M.cyclopis)、日本猕猴(M.fuscata)是最广泛使用的非人类灵长类动物模型。猕猴是一个分布广、数量较多，且与人类的亲缘关系很近的物种，这使得猕猴成为生物医学研究的一个很好的模式物种。人类基因组计划完成后，人类疾病基因的研究越来越多，对于模式物种的基因组也越来越关注。
　　目前对于猕猴属物种基因组完成的还只是少数几种，而对于中国猕猴亚种华北亚种(Macaca mulatta tcheliensis)即太行猕猴(Taihangmacaque)与日本猕猴(Macaca fasucta)的基因组目前还没有报道过，而基于全基因组对这两种猕猴的疾病基因的报道也没有。所以本研究以太行猕猴与日本猕猴为研究对象，对来自天津动物园的一只雌性日本猕猴与来自太行山的一只雌性太行猕猴进行全基因组测序分析，结果得出日本猕猴共有10807031个单核苷酸多态性，其中有7820390个是同义的，有2986641个是非同义的。在太行猕猴中共有11214245个单核苷酸多态性，其中有5469779个是同义的，有5744466个是非同义的。对非同义SNP的分析得到日本猕猴中发现436个疾病基因，在太行猕猴中发现354个疾病基因。结果发现：1)日本猕猴与印度猕猴的亲缘关系更近；2)日本猕猴的猴群中有比较严重的近交现象；3)太行猕猴是一个相对独立的种，从而也说明了太行猕猴是中国特有的猕猴亚种；4)在与印度猕猴的106个疾病基因的对比可看出，不同的物种对于同一疾病有不同的基因型，同一基因型也有不同的表现型，故不同的疾病可以选择不同的猕猴种类作为实验动物。

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第一章 文献综述

第一节 猕猴在分类学中的地位

1 中国猕猴的分类学地位

2 日本猕猴的分类学地位

3 太行猕猴的分类学地位

第二节 猕猴在基因组的地位

1 猕猴线粒体的研究进展

2 猕猴基因组的研究进展

第三节 猕猴在生物医学的地位

1模式动物的研究史

2 非人灵长类在生物医学研究的概述

第四节 基因组学的概述

1参考序列(reference genome)

2 遗传分子标记类型

3 分子标记分型

4 基因组数据处理

5 获得多态性位点

第二章 研究对象与方法

第一节 研究对象

第二节 研究方法

1 DNA样品提取

2 日本猕猴样品的鉴定

3 文库构建

4DNA成簇(Cluster Generation)

5 测序

6 读取碱基

7 数据分析

第三章 研究结果与讨论

第一节 研究结果

1 测序结果

2 比对结果

3 单核苷酸识别

4 猕猴疾病基因

第二节 结果分析与讨论

1 SNP分析

2 疾病基因的分析

3 猕猴与人类的亲缘关系分析

4 日本猕猴、太行猕猴与印度猕猴疾病基因的比较

影响多基因疾病的候选基因

第三节 小结

第四章 展望

参考文献

附录：日本猕猴与太行猕猴疾病基因的比较

附录：攻读学位期间发表的论文

致谢

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