华南汉族人群中MAFB、IRF6、8q24和10q25多态性与非综合征性唇腭裂的关联

摘要

背景与目的
　　非综合征性唇腭裂(Nonsyndromiccleftlipwithorwithoutcleftpalate,NSCL/P)是人类最常见的先天性畸形之一,是一种多基因遗传和环境因素相互作用的遗传疾病,其发病机制尚未完全明确。本研究的目的是研究中国华南地区汉族人群MAFB基因、IRF6基因以及染色体8q24和10q25上的6个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)与NSCL/P的关联,探讨其在NSCL/P的发病机制中的作用。
　　材料与方法
　　本研究收集了431个NSCL/P患者和451个对照者。通过采用TaqMan基因型鉴定技术对MAFB(rs17820943、rs6102085和rs6072081)以及IRF6rs10863790,还有分别位于染色体8q24rs987525和10q25rs7078160共6个SNPs进行基因型鉴定。应用卡方检验评价这6个SNPs的基因型频率和等位基因频率在NSCL/P患者和对照者中的分布,并且评价其与NSCL/P的关联。
　　结果
　　MAFBSNPsrs6072081、rs17820943和rs6102085以及IRF6SNPrs10863790与NSCL/P的发病有显著关联。
　　1.NSCL/P患者中MAFBrs6072081的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.001和0.004),rs17820943的C等位基因和CC基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.001和0.002),rs6102085的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是1.22×10-6和1.27×10-5);NSCL/P患者中IRF6rs10863790的AA基因型频率与对照组相比增高(P=0.007)。10q25rs7078160和8q24rs987525这2个SNPs与中国华南地区汉族人群NSCL/P之间未发现有关联。
　　2.唇裂伴腭裂患者中MAFBrs6072081的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是4.52×10-4和0.002),rs17820943的C等位基因和CC基因型频率与对照组相比增高(P值分别是6.69×10-5和2.43×10-4),rs6102085的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.009和8.37×10-7);唇裂伴腭裂患者中IRF6rs10863790的AA基因型频率与对照组相比增高(P=0.006)。单纯唇裂患者中IRF6rs10863790的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.024和0.017);MAFB这3个SNPs与单纯唇裂和单纯腭裂无关联,IRF6rs10863790与单纯腭裂无关联。
　　3.NSCL/P女性患者中MAFBrs6072081的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.016和0.041),rs17820943的C等位基因频率和CC基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.018和0.045),rs6102085的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.032和0.046),男性患者中MAFBrs17820943的C等位基因频率与对照组相比增高(P=0.048),rs6102085的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是5.64×10-5和1.15×10-41.15×10-4),rs6072081的A等位基因频率与对照组相比增高(P=0.069),MAFBrs6072081、rs17820943和rs6102085在男性患者与女性患者中比较无差别(P值分别是0.626,0.859和0.211);NSCL/P男性患者中IRF6rs10863790的AA基因型频率与对照组相比增高(P=0.023),女性患者中IRF6rs10863790的AA基因型频率与对照组相比无显著差异(P=0.185),男性患者中IRF6rs10863790的A等位基因频率与女性患者相比增高(P=0.034)。
　　4.NSCL/P患者中MAFBSNPs(rs6072081-rs17820943-rs6102085)ACA单倍体型频率与对照组相比增高(P=1.623×10-6),GTG和ACG单倍体型频率对照组较高(P值分别是0.0015和0.0215)。
　　结论
　　在本研究的中国华南地区汉族人群中,我们发现MAFB和IRF6的SNPs与NSCL/P的危险性有关,并且在不同亚型和性别中可能存在不同影响。
　　1.MAFBrs6072081的A等位基因、rs17820943的C等位基因、rs6102085的A等位基因和IRF6rs10863790的A等位基因与NSCL/P有关联。
　　2.MAFBrs6072081、rs17820943和rs6102085与唇裂伴腭裂有关联,与单纯唇裂和单纯腭裂无关联;IRF6rs10863790与单纯唇裂及唇裂伴腭裂有关联。
　　3.MAFBrs17820943和rs6102085在NSCL/P中无性别差异,在男性和女性中有关联,MAFBrs6072081在女性中有关联,在男性中有潜在关联;IRF6rs10863790在NSCL/P中有性别差异,在男性中有关联,在女性中无关联。
　　4.10q25rs7078160和8q24rs987525与NSCL/P未发现有关联。
　　5.MAFBSNPs(rs6072081-rs17820943-rs6102085)ACA单倍体型与NSCL/P有关联。

目录

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缩 略 词

目录

第一章 前 言

1.1 先天性唇腭裂

第二章 材料与方法

2.1 研究对象

2.2 实验耗材及仪器

2.3 实验试剂

2.4 实验操作方法

2.5 数据处理及统计学分析

第三章 结 果

3.1 对照组Hardy-Weinberg平衡

3.2 病例组和对照组基因型与等位基因比较

3.3 连锁不平衡和单倍体型

第四章 讨 论

4.1 IRF6基因单核苷酸多态性在NSCL/P中的作用

4.2 MAFB基因单核苷酸多态性在NSCL/P中的作用

4.3 10q25与8q24位点单核苷酸多态性在NSCL/P中的作用

4.4 本实验的局限性

第五章 结论

第六章 展望

参考文献

附录1 唇腭裂易感基因研究知情同意书（患者-家长）

附录2 唇腭裂易感基因研究知情同意书（志愿者）

附录3 Consent Form

附录4 实时荧光定量PCR技术

附录5 SNP及其检测方法

文献综述

参考文献

致谢

个人简历