2015-2016年广东部分地区猪源FMDV血清学调查及FMDV VP1和3A基因的序列分析

摘要

为了了解广东地区FMDV的遗传变异情况及抗体水平，本实验对2015-2016年间收集的华南部分地区猪血清和病料分别进行 FMDV抗体和抗原的检测，检测结果表明：2015共采集2763份猪血清，其中阳性血清总数为2344份，阳性率为84.84%（95%CI：78.43%-86.78%）；2016年共采集3298份血清，其中阳性血清总数为2932份，阳性率为88.90%（95%CI：86.83%-94.54%）；与2015年相比，2016年FMDV抗体阳性率有所上升。本实验对临床具有水疱症状的病料进行FMDV VP1和3 A基因进行扩增，序列进行分析结果表明：11株O型FMDV均属耿马谱系毒株。7株A型FMDV均属As ia型毒株。11株 O型 FMDV的VP1基因与流行毒株相比， GD-MM-3株与O/BY/CHA/2010株同源性最高，为95.3%；GD-1株、GD-MM-1株和GD-MM-3株与O/MYA/1/98株同源性最高，为90.8%。7株A型FMDV的VP1基因与流行毒株相比， A/GDMM/CHA/2013株与 GD-3株的核苷酸同源性最高，为99.8%。A/GDMM/CHA/2013株与 GD-CH-1株的核苷酸同源性最低，为96.4%。A/HuBWH/CHA/2009株与GD-3株的核苷酸同源性最高，为91.4%；A/HuBWH/CHA/2009株与GD-CH-1株的核苷酸同源性最低，为88.4%。11株O型FMDV的3 A基因与流行毒株相比，有9株属耿马谱系毒株；有2株属于泛亚谱系毒株。7株A型FMDV的3 A基因存在较多氨基酸的缺失。
　　通过对 VP1基因的简单重复序列进行分析，结果显示 GD-MM-2株五碱基 SSR相对丰度最高；四碱基SSR中GD-MM-1株、GD-MM-2株、GD-MM-5株相对丰度最高；GD-ZS-1株三碱基SSR的相对丰度最高。通过对VP1基因相对密度的比较，结果一碱基SSR中，GD-ZS-1株相对密度最高；二碱基SSR中，GD-2株的相对密度最大；三碱基 SSR中，GD-ZS-1株相对密度最高；四碱基 SSR中，GD-MM-1株、GD-MM-2株和GD-MM-5株的相对密度最大；五碱基SSR中，GD-MM-2株的相对密度最高。通过对O型FMDV VP1蛋白结构功能的预测，综合分析在23~30、100~104、179~183、197~202区段存在B细胞抗原位点的可能性最高。通过对A型FMDV VP1蛋白结构功能的预测，综合分析在16~29、100~108、132~145、196~202区段存在B细胞抗原位点的可能性最高，结果为了解我国 FMDV流行情况提供数据支持。依据以上结果，本猪场使用高质量口蹄疫苗进行免疫，结合生物安全等措施控制口蹄疫取得良好额效果。

目录

声明

英文缩略词

1 前言

1. 1 口蹄疫简述

1.2 FMDV病原学

1.3 FMDV基因结构

1.4 FMDV遗传变异

1.5 FMDV致病机制

1.6 FMD的流行病学

1. 7常用F MD诊断方法的优缺点

1.8 FMD疫苗

1.9 FMD防控策略

1. 10本文研究的目的与意义

2. 1 材料

2. 2 方法

3. 1 2015-20 16年F MD抗体监测数据

3. 2 VP 1基因和3A基因片段的扩增

3. 3VP 1基因的联机检索

3. 4O型F MDV VP 1基因和3A基因的序列分析

3.5 A型FMDV VP1和3A基因的序列分析

3. 6VP 1基因的简单重复序列分析

3.7O型FMDV VP1蛋白结构功能的预测

3.8A型FMDV VP1蛋白结构功能的预测

3. 9防控策略

4.1 2015-2016年广东部分地区FMDV抗体检测分析

4. 2 VP 1和3A基因遗传进化分析

4.3 FMD防控

5 总结

5.3口蹄疫防控策略

致谢

参考文献