坛紫菜微卫星的分离及其在紫菜遗传多样性研究中的应用

摘要

本文构建了部分坛紫菜小片段基因组文库，从中筛选到1500左右个阳性克隆，在215个阳性克隆中筛选到4个微卫星位点。选择其中的2个微卫星位点ATN4和GAN5以及从GeneBank里搜索的江蓠的3个微卫星位点AJ512812、AJ512806和AJ512804对9个紫菜样品（LYG、RD、CS、GL1、DXY、BBD、JJS、NH和LSD）进行PCR扩增。5个微卫星位点共检测到31个DNA条带，其中条带最多的位点是AJ512812，有12条；条带最少的位点是AJ512804，只有1条带，其它位点扩增的条带数在4～8之间。在所有的31条带种有26条具有多态性，占条带总数的83.9﹪。根据微卫星检测的结果，采用类间平均链锁法（Between groups linkage）对各样品间的Nei氏遗传相似系数进行聚类分析。分析结果显示野生坛紫菜样品NH、JJS和LSD之间的遗传相似系数最高，达到96.8﹪；坛紫菜各样品间的遗传相似系数在58.1﹪～96.8﹪之间，不同海区、栽培样品与野生样品之间存在很大的遗传差异。这表明坛紫菜的种质资源遗传多样性丰富，将为坛紫菜的良种选育奠定基础。从聚类树状图可以看出，9个紫菜样品共聚成两大类，坛紫菜样品NH、JJS和LSD首先聚为一类，再和其它4种坛紫菜样品聚集，条斑紫菜样品LYG和RD先聚在一起，最后与坛紫菜样品相聚。不同海区的两种养殖坛紫菜CS和GL1之间的遗传距离甚至大于坛紫菜与条斑紫菜之间的遗传距离，说明地理环境不同会造成紫菜在遗传上的较大差异，有时甚至大于种间的遗传距离。