岱衢洋、官井洋大黄鱼及其正反交子代的AFLP与SSR遗传分析以及出生地的初步判定

摘要

杂交育种在大黄鱼苗种繁育中具有重要的地位，现阶段生产上主要的苗种大都来自于不同群体的优良个体的杂交繁育。具有优良性状的亲本群体的选择是杂交育种的重中之重，同时不同的杂交方式对育种的效果也有一定影响。因此本研究使用共显性标记SSR（11对引物）与显性标记AFLP（10对引物）研究了岱衢洋野生大黄鱼选育群(DQ)与官井洋大黄鱼选育群(MY)的遗传背景差异。同时研究了不同的杂交方式（正交和反交）繁育的后代间以及与其亲代的遗传差异。为大黄鱼优良品种的筛选培育，分子标记辅助选择育种提供参考。
　　 SSR的结果显示，亲代中岱衢洋野生大黄鱼选育群(DQ)多态性（Shannon's多样性指数）稍高于官井洋大黄鱼选育群(MY)，分别为2.14、2.04; F1代中反交群高于正交群分别为2.13、2.03; F1杂交群体中为2.24与其亲代群的相似(2.22)。亲代群间基因分化系数值为0.020，低于杂交后代的0.026。AMOVA显示，亲代群和后代群基因差异均很低，且亲代群基因分化度低于和杂交后代群，Fst值分别为0.011、0.032。Nei遗传距离显示子代间遗传距离大于亲代间的遗传距离分别为0.39、0.22。UPGMA聚类将其分为3组，其中DQ群与MY群遗传距离最近。AFLP的结果与SSR结果基本一致。可以认为本研究中选育DQ群与MY群大黄鱼间遗传背景差异较低，其中DQ群遗传背景较好，杂交提高了后代群的基因多样性。
　　 本研究的另外一部分从大黄鱼的外形，耳石的形态以及耳石的稳定同位素13C、18O的组成差异等方面展开研究，通过比较研究不同出生地大黄鱼的耳石差异，以期发现区分不同来源大黄鱼的方法，同时为野生大黄鱼的鉴定提供一种新的思路。结果显示本研究野外捕捉到的大黄鱼耳石核心中13C组成接近海洋表面而明显高于养殖鱼的，据此推测该大黄鱼出生地不太可能是人工育苗场，其出生地很可能为自然海域且受陆地有机输出影响较小。基于以上推测本研究野外捕捉到的大黄鱼不是网箱逃逸者，也不是人工放流鱼，应该为野外出生的野生大黄鱼。δ13C在前两年的夏轮中相近且明显低于后来的夏轮，而在冬轮中差别不明显，据此推测该野生大黄鱼可能有固定的越冬场所，而繁殖，生长期的栖息环境相对不固定，根据其分布特征推测其很可能存在两个夏季栖息地。养殖大黄鱼和野生大黄鱼在部分形态性状上存在着明显差异，本研究的野生大黄鱼更接近于文献记载的早期野生大黄鱼。野生大黄鱼耳石的外侧面的突起较养殖的光滑，养殖鱼耳石的外侧面的小突起与沟槽更尖锐，其数量也较野生的多，差异明显。根据以上结果推断当前浙江岱衢洋海域存在野生大黄鱼。应该继续采取措施保护好该野生资源，为大黄鱼的遗传改良提供优良的素材。

目录

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摘要

第一章 绪

第一节 大黄研究进展

1．1 大黄鱼的一般生物学特性

1．2 大黄鱼研究进展

第二节 大黄鱼的资源开发利用

2．1 野生资源开发历史与现状

2．2 大黄鱼养殖历史与现状

第三节 SSR分子标记技术以及其在鱼类育种中的应用

3．1 SSR

3．2 SSR的开发

3．3 SSR标记技术的基本流程

3．4 SSR用于遗传多样性研究

3．5 SSR用于遗传图谱的构建

3．6 SSR用于基因鉴定与连锁标记

3．7 SSR用于亲缘关系鉴定

3．8 SSR用于种群生态学

第四节 AFLP分子标记技术及其在鱼类育种中的应用

4．1 AFLP基本原理和技术流程

4．2 AFLP用于遗传多样性研究

4．3 AFLP用于种类鉴别及亲子鉴定

4．4 AFLP用于雌核发育的研究

4．5 AFLP用于遗传连锁图谱构建

4．6 AFLP用于功能基因的筛选与辅助育种

第五节 本研究目的与意义

第二章 岱衢洋野生大黄鱼选育群与官井洋大黄鱼选育群及其正反交后代的SSR分析

1 材料

1．1 实验用鱼

1．2 主要仪器

1．3 主要试剂

1．4 溶液配制

2 方法

2．1 DNA模板的制备

2．2 SSR扩增

2．3 SSR扩增产物检测

2．4 引物筛选

2．5 数据处理

3 结果

4 讨论

第三章 岱衢洋野生大黄鱼选育群与官井洋大黄鱼选育群及其正反交后代的AFLP分析

1 材料

1．1 实验用鱼

1．2 主要仪器

1．3 主要试剂

1．4 溶液配制

2 方法

2．1 DNA模板的制备

2．2 AFLP的引物筛选

2．3 模板DNA的酶切

2．4 接头的连接

2．5 DNA片段的预扩增

2．6 选择性扩增

2．7 AFLP扩增产物的检测

2．8 引物接头及PCR反应成分

2．9 数据处理与分析

3 结果

4 讨论

4．1 AFLP实验操作问题

4．2 AFLP分析结果

第四章 岱衢洋野生与养殖大黄鱼外形与耳石的比较研究

1 材料

1．1 试剂

1．2 仪器与设备

1．3 材料

2 方法

2．1 耳石切片的制备

2．2 年轮的鉴定

2．3 形态比较研究

2．4 耳石与体色的比较研究

3 结果

3．1 耳石的年轮鉴定

3．2 耳石形态与体色比较研究

3．3 体型比较研究

4．讨论

4．1 大黄鱼形态特征

4．2 耳石形态研究状况

4．3 耳石研究中存在的问题

第五章 岱衢洋野生与养殖大黄鱼耳石13C与18O组成研究

1 材料

2 方法

2．1 耳石磨片

2．2 13C、18O稳定同位素测定

3 结果

4 讨论

4．1 耳石微量元素分析

4．2 野生大黄鱼保护策略

第六章 讨论

1 小结

2 讨论

3 本研究的创新点

参考文献

致谢

主要科研成果与参与的科研项目