利用454测序技术对非酒精性脂肪性肝病患者肠道菌群结构的研究

摘要

目的:非酒精性脂肪性肝病（nonalcoholic fatty liver disease，NAFLD）及慢性乙型肝炎(Chronic Hepatitis B，CHB)均是严重危害人类健康的常见病。大量临床研究表明肝病的发生发展常与人体肠道微生态的变化密切相关。本研究通过分析NAFLD及CHB并NAFLD患者与健康人的肠道细菌构成及数量之间的差异，以阐明NAFLD及CHB并NAFLD对肠道菌群结构的影响。
　　方法:本研究通过使用bar coded 454测序技术，共对经临床病理确诊的47例NAFLD患者、18例CHB并NAFLD患者和34例健康人的粪便样品进行了肠道菌群结构的分析。
　　结果:NAFLD及CHB并NAFLD患者肠道菌群的整体多样性较健康人低(均p＜0.01);NAFLD患者出现明显的肠道菌群失调，表现为厚壁菌门/拟杆菌门(FD/BD)比率升高，同时合并CHB可使NAFLD患者肠道菌群失调加重;FD及该门中的产芽胞菌(Erysipelotrichi)纲的丰度均在NAFLD及CHB并NAFLD患者中显著增加（均p＜0.05），而BD及该门中的拟杆菌(Bacteroidia)纲的丰度显著减少（均p＜0.05）;在属的水平上，有别于健康人，益生菌乳球菌(Lactococcus)属在NAFLD及CHB并NAFLD患者中显著减少（均p＜0.01），而致病菌链球菌(Streptococcus)属则显著增加（均p＜0.05）。
　　结论:肠道菌群的多样性与NAFLD及CHB并NAFLD疾病状态有着密切的关系，这两种慢性疾病状态可能导致肠道内定植着的肠道菌群发生显著的变化，表现在其多样性的减少及一些特定细菌类群比例的失调上。

目录

声明

摘要

第一章 引言

第二章 材料与方法

2．1 研究对象

2．1．1 病例组排除纳入标准

2．1．2 健康人排除纳入标准

2．2 主要实验试剂与仪器

2．3 研究方法

2．3．1 资料收集

2．3．2 粪便DNA的提取

2．3．3 粪便DNA质量的检测—琼脂糖凝胶电泳

2．3．4 粪便DNA的16S rRNA基因V3区bar coded 454测序

2．3．5 测序分析群落结构的流程

2．3．6 序列的质量控制

2．3．7 序列的比对

2．3．8 计算距离矩阵

2．3．9 划分操作分类单元(Operation Taxonomy Unit，OTU)

2．3．10 多样性分析

2．3．11 系统进化树的建立

2．3．12 分析分类地位

2．3．13 肠道菌群结构的多变量统计学分析

第三章 实验结果

3．1 各组人群肠道菌群多态性的比较

3．2 各组人群肠道菌群结构的整体比较

3．3 人群肠道菌群多样性组成的系统发育分析

第四章 讨论

第五章 结论

参考文献

综述 肠道微生态与非酒精性脂肪性肝病相关性的研究现状

致谢

附录