三个水稻电子遗传图谱的构建及水稻品种指纹图谱库的初步研究

摘要

为了高效率、大规模的初步定位明恢86突变体库中非T-DNA插入突变体基因，本研究以明恢86和籼稻品种93-11及具有广亲和性的粳稻品种02428和中花15为材料，利用Mapdraw软件建立了3张高密度的微卫星电子连锁图，(本人承担了1、2、3、10、11、12共六条染色体的工作，另外六条染色体的工作，由另外一名研究生完成)。 选用712对已经发表的引物，分别在明恢86和93-11，明恢86与02428及明恢86与中花15进行多态性检验，挑选多态性标记。同时为了缩短各个标记之间的距离，利用已经公布的日本晴和93-11基因组序列，结合SSRITTN primer5.0软件又自行设计了516对引物，共1232对，明恢86与这三个品种间的多态性检测结果分别为：281对、473对、470对，多态性频率分别为22.81％、38.39％和38.15％。根据各标记在染色体上的电子遗传距离，利用mapdraw软件，构建了三张基于明恢86的SSR电子遗传图谱。建成的图谱覆盖全基因组长度分别为1499.6cM、1522.0cM和1519.9cM，标记间的平均遗传距离为5.34 Cm、3.22cM和3.23cM。这三张高密度的电子遗传图谱的构建，为高通量初步定位明恢86背景下突变体基因创造了条件，同时也为另外3个水稻品种突变体基因的图位克隆提供了方便。 在连锁图谱构建过程中，根据电子遗传图谱对引物多态性检测的筛选结果，针对多态性较好的标记(限本人承担的1-3，10-12号染色体)在具有代表性的12个品种即5个恢复系，4个保持系及3个粳稻中进行多态性检测，根据其扩增的稳定性及等位基因数量，从而最后确定了72对引物，他们平均分布于12条染色体，每条染色体长短臂各3条，这些核心引物的确定为下一步进行品种鉴定，建立品种指纹图谱打下了较好的基础。

目录

声明

摘要：

前言：

第1章 文献综述

1分子标记概述

1.1基于DNA分子杂交技术的DNA标记

1.2基于PCR为基础的分子标记

1.3基于PCR与限制性酶切结合的 DNA标记

1.4基于单个枋昔酸多态性的DNA标记——SNP标记

2微卫星标记的发展及其在水稻中的应用

2.1SSR的原理

2.2SSR的发展及特点

2.3水稻基因组中微卫星

2.4水稻微卫星标记的开发

2.5微卫星标记在水稻中的应用

3遗传图谱的发展和应用

3.1遗传图谱的发展

3.2遗传图谱的应用

4指纹图谱的发展和应用

4.1指纹图谱的发展

4.2指纹图谱的应用

第2章 基于水稻明恢86的三个电子遗传图谱的构建

材料与方法

1材料

2方法

结果与分析：

1SSR引物多态性的分析

2电子遗传图谱的构建：

讨论

1.构建电子遗传连锁图谱的背景材料

2.本连锁图谱的应用

3电子图谱的应用

第3章 构建主要杂交水稻品种及其亲本指纹的核心标记的筛选的鉴定

材料与方法

1.材料

2.方法

结果与分析

1分子指纹图谱的初步发展：

2部分杂交稻组合及其亲本对核心引物的验证

讨论

参考文献

附录

致谢