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豇豆褪绿斑驳病毒(Cowpea Chlorotic Mottle Virus)突变体混合侵染中RNA重组的研究

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目录

ABSTRACT

第一章绪论

引言

1、转基因作物的潜在风险性分析

2、转病毒基因植物的风险性分析

3、植物病毒RNA重组的研究概况

3.1、雀麦花叶病毒组病毒RNA重组

3.2、植物病毒RNA重组的机理

3.3、转基因植物中病毒RNA与转基因间重组

3.4、RNA重组对RNA病毒的种群多态性和致病性的影响

4、本研究的技术路线与目的

第二章豇豆褪绿斑驳病毒(CCMV)RNA3突变体的构建和侵染株系的建立

引言

1、材料与方法

1.1、克隆构建

1.2、病毒克隆的体外转录

1.3、病毒克隆转录产物的接种

1.4、病毒RNA的提取

1.5、病毒RNA的RT-PCR

1.6、CCMV突变体侵染株系的检验

2、结果与分析

2.1、豇豆褪绿斑驳病毒突变体的侵染症状

2.2、从TP7、TP8和AG1侵染的植株中提取的病毒RNA

2.3、豇豆褪绿斑驳病毒突变体的RT-PCR产物。

2.4、豇豆褪绿斑驳病毒突变体及其侵染株系的确认

3、讨论

第三章豇豆褪绿斑驳病毒(CCMV)突变体混合侵染的建立和混合侵染植株中CCMV-RNA3的群体多态性初步分析

引言

1、材料与方法

1.1、豇豆褪绿斑驳病毒突变体的混合侵染的建立:

1.2、混合侵染植株的病毒RNA的提取

1.3、混合侵染植株的病毒RNA的RT-PCR

1.4、混合侵染植株的病毒RNA3的RT-PCR产物的酶切分析

2、结果与分析

2.1、豇豆褪绿斑驳病毒突变体混合侵染的症状

2.2、豇豆褪绿斑驳病毒突变体混合侵染后的病毒多态性

3、讨论

第四章豇豆褪绿斑驳病毒突变体混合侵染植株的CCMV-RNA3的cDNA克隆及其群体数量结构分析

引言

1、材料与方法

1.1、混合侵染植株中病毒RNA的提取及RT-PCR

1.2、混合侵染植株的病毒RT-PCR产物的克隆

1.3、病毒克隆的繁殖和质粒的快速提取

1.4、病毒克隆的酶切分析

2、结果与分析

2.1、病毒克隆的酶切图谱

2.2、豇豆褪绿斑驳病毒突变体混合侵染植株中CCMV-RNA3的群体数量结构

3、讨论

第五章豇豆褪绿斑驳病毒CCMV-RNA3突变体重组子的序列测定及RNA重组率分析

1、材料与方法

1.1、待测序的病毒克隆质粒的提取

1.2、病毒克隆的序列测定

1.3、病毒克隆的序列测定中所使用的CCMV-RNA3引物

1.4、CCMV-RNA3的RNA重组率的确定

2、结果与分析

2.1、TP7+TP8混合侵染植株中所发现的5个无酶切标记的CCMV-RNA3克隆的序列测定结果

2.2、TP7+AG1混合侵染植株中所发现的9个无酶切标记的序列和2个双酶切标记RNA3克隆序列测定结果

2.3、TP8+AG1混合侵染植株中所发现的9个无酶切标记的病毒和8个双酶切标记RNA3克隆序列测定结果

2.4、豇豆褪绿斑驳病毒突变体混合侵染植株中的CCMV-RNA3群体结构。

2.5、豇豆褪绿斑驳病毒突变体混合侵染植株的CCMV-RNA3重组率

2.6、豇豆褪绿斑驳病毒不同突变体混合侵染植株的CCMV-RNA3重组率及突变体点突变率的方差分析

3、讨论

第六章结论与讨论

1、豇豆褪绿斑驳病毒(CCMV)RNA3突变体的建立与生物学比较

2、豇豆褪绿斑驳病毒(CCMV)RNA3不同突变体混合侵染及其多态性研究

3、豇豆褪绿斑驳病毒混合侵染植株中CCMV-RNA3的重组率及突变体突变率

4、本研究对揭示RNA病毒侵染、变异、自然选择和进化规律的启示作用

参考文献

致 谢

附录1:英文缩略词

附录2:野生型CCMV-RNA3 CDNA全长DNA序列

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摘要

该研究采用豇豆褪绿斑驳病毒作为研究对象.豇豆褪绿斑驳病毒是一个三分体正链RNA球形病毒.其基因组由RNA1(3.2kb)、RNA2(2.9kb)和RNA3(2.1kb)3条单链RNA所组成,采用RNA1、RNA2和RNA3接种植物合会产生一条编码外壳蛋白的亚基因组RNA4.RNA1和RNA2都是单顺反子,分别编码病毒复制所需的109kD和94kD蛋白,RNA3是双顺反子,编码负责细胞间运动的32kD蛋白(3a蛋白)及21kD外壳蛋白.病毒的复制不需要3a蛋白和外壳蛋白,但在病毒的系统侵染中需要这两种蛋白的参与,因此,豇豆褪绿斑驳病毒RNA3是研究RNA病毒重组的理想材料.该研究首先采用PCR点突变的方法,将连接于质粒pBluescript(KS+/-)上的CCMV RNA3的cDNA克隆进行点突变,并获得TP7、TP8和AG1三种RNA3的突变体.进一步以TP7+TP8、TP7+AG1和TP8+AG1混合接种植析中提取的病毒RNA为模拟,进行RT-PCR,将产物克隆于质粒Bluescripts(KS+/-)后,酶分析了来源于不同接种植株522个CCMV-RNA3 cDNA克隆.为了将真实病毒重组子克隆与可能的点突变体克隆区别开来,对酶切分析发现的可能的病毒重组子克隆(带有双标记点和没有标记点的克隆)进行部分DNA序列测定.

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