猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2基因和ORF5基因变异分析

摘要

猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸道疾病为特征的传染病.在PRRSV的全基因组序列中,Nsp2基因和ORF5基因序列变异最大,对这两个基因序列变异的分析在一定程度上能够反映PRRSV整个基因组序列变异的情况.该研究即通过对不同PRRSV毒株Nsp2基因和ORF5基囚序列的测定和比较,分析中国流行毒株的遗传变异,进而了解中国PRRSV流行毒株的分子流行病学规律,为PRRS的防制提供必要的分子流行病学信息.采用RT-PCR方法扩增PRRSV的Nsp2基因和ORF5基因片段,分别从10份PRRSV阳性组织材料中获得Nsp2基因的部分序列片段,从26份PRRSV阳性组织材料中获得ORF5基因片段.将扩增得到的cDNA片段克隆于pGEM-T载体中,进行序列测定和分析,发现在获得的Nsp2基因序列中有2个存在着缺失:BJ-13存在连续3个核苷酸的缺失,HB-4存在111个核苷酸的间隔缺失,其它8个Nsp2基因扩增的序列长度均为1108bp;获得的26个ORF5基因序列长度均为603bp.序列比较结果表明所获得Nsp2基因序列核苷酸的相似性为76.1﹪~97.4﹪,与VR2332株的相似性为76.4﹪~99.6﹪,与LV株的相似性为38﹪~38.5﹪;获得ORF5基因序列核苷酸的相似性为84.1﹪~99.8﹪,与VR2332株的相似性为86.4﹪~99.5﹪,与LV株的相似性为62.3﹪~64.8﹪,表明所获得序列的流行毒株均属美洲型.参考国内外已经发表的Nsp2基因和ORF5基因序列,采用分子生物学软件绘制了PRRSV的遗传演化关系图.依据ORF5基因序列进行的遗传演化分析结果表明,美洲型PRRSV可分为4个亚群,中国目前流行的PRRSV毒株属于其中的3个亚群:以BJ-4为代表的毒株属于亚群1;以CH-1a,HB.1和HB-2株为代表的毒株属于亚群2;以BJ-13为代表的毒株属于亚群4.推导编码氨基酸的比较结果表明,分属于不同亚群的国内不同地区流行的PRRSV毒株在ORF5基因编码蛋白的潜在糖基化位点数目(2~4个),表位区域(27~30aa,38~54aa和180~197aa)和与毒力相关的氨基酸(13位aa和151位aa)等方面均存在着变异.

目录

文摘

英文文摘

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英文缩写对照表

引言

材料与方法

1.材料

2.方法

结果与分析

1.Nsp2基因和ORF5基因的RT-PCR扩增

2.Nsp2基因和ORF5基因的克隆、测序与序列拼接

3.核苷酸相似性的比较

4.依据Nsp2基因ORF5基因核苷酸序列的遗传演化分析

5.推导编码氨基酸基本特性的比较

讨论

1.Nsp2基因序列的扩增

2.Nsp2基因的变异

3.ORF5基因的变异

4.PRRSV的遗传演化

结论

文献综述 猪敏殖与呼吸综合征病素Nsp2基因和ORF5基因变异研究进展

1.Nsp2基因的遗传变异

2.ORF5基因的遗传变异

3.遗传变异对PRRSV来源探讨的帮助

4.遗传变异对疫苗生产和使用的影响

5.结语

参考文献

附 录

致 谢