2007～2009年广西猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因和Nsp2基因高变区的遗传变异分析

摘要

猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是严重影响世界养猪业发展的病毒性疾病。由于其病原体猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因组中ORF5基因和Nsp2基因变异大，所以常用这两个基因来监测本病的流行情况。
　　 在本研究中，应用RT-PCR检测在2008～2009年从广西不同地区猪场收集的180份疑似PRRS病料，用以监测本地区的PRRSV的流行情况，其中有136份呈阳性，阳性率为75.6％，说明2008～2009年PRRSV在广西猪场流行。
　　 PRRSV的ORF5基因和Nsp2基因高变区克隆测序后，与国内外参考毒株的相应核苷酸序列进行比较。对ORF5基因比较后构建系统进化树，发现所有的广西毒株均属于北美型，可以将广西PRRSV毒株分为两群。I群包含3株广西株，与北美型代表株VR-2332和由它衍生的弱毒疫苗株RespPRRS MLV亲缘关系密切，核苷酸同源性分别为99.2～99.5％和99.5～99.8％，氨基酸同源性分别为97.5～98.0％和98.5～99.0％。II群分为亚群1和亚群2。亚群1由6株广西毒株独立形成，其氨基酸变异表现出地域特性。亚群2所包含的46株广西株与JXA1同群，它们之间的核苷酸和氨基酸同源性高达96.5～99.7％和94.0～99.0％，其氨基酸显示与高变株相同的变异趋势。本研究所克隆30株广西毒株的ORF5基因均属于II群，其中亚群1包含6株，亚群2包含24株。
　　 Nsp2基因高变区序列推导的氨基酸与国内外参考毒株的相应氨基酸序列进行比较，发现在2007～2009年四种类型变异毒株同时存在：(1)6株未缺失的类似经典毒株；(2)1株（GXNN05）在481位发生1个氨基酸缺失；(3)38株在481位和533～561位发生30个氨基酸缺失；(4)1株（GXNN06）在481位、485～488位和533～561位发生34个氨基酸缺失，是新发现的一种类型的变异株。其中发生30个氨基酸缺失的毒株与高变株JXA1亲缘关系密切，核苷酸和氨基酸同源性高达95.7～99.9％和93.5～99.6％。本研究克隆的25株PRRSV的Nsp2表现为1个、30个和34个氨基酸的缺失。
　　 总结以上分析说明2007～2009年：(1)PRRSV毒株在广西猪场流行；(2)广西地区流行的PRRSV毒株均为北美型；(3)大部分广西PRRSV毒株在Nsp2表现出30个氨基酸的缺失并与HP-PRRSV的GP5蛋白氨基酸有相同的变异趋势；(4)广西地区存在四种类型的变异形式，GXNN06是新发现的在第481，485～488和533～561位缺失了34个氨基酸的毒株，表现出遗传多样性，推测Nsp2基因的进化可能是一个逐渐变异和积累的过程。