利用SNP标记在中国荷斯坦牛中精细定位BTA6上产奶性状QTLs

摘要

多项研究已表明BTA6上存在产奶性状QTLs。Chen(2005)在基于女儿设计的中国荷斯坦牛群中也检测到产奶性状QTLs，并将影响产奶量、乳脂量和乳蛋白量的QTLs定位在标记BMS470附近，BMS1242附近也有一个影响乳脂量的QTL。本研究综合目前国内外研究进展，借助最新公布的奶牛基因组序列图和遗传图谱选定了BTA6上热点研究区域内相对较小的区段(标记BMS2508-ILSTS097之间)作为目标QTL精细定位区段，利用高密度SNP标记在中国荷斯坦牛中对产奶性状QTLs进行了精细定位研究。 1．通过对公牛基因组DNA的目标区段进行逐段PCR扩增和PCR产物直接测序方法获得了新的SNP标记，共得到32个新标记。为增加标记密度，综合利用NCBI上已公布的目标区段内SNP标记和本研究的新标记，在25Mbp的范围内共选用了15个SNP标记。采用RFLP、TaqMan探针及AFLP对来自11个公牛半同胞家系的1449个中国荷斯坦牛个体的标记基因型进行了检测判定。 2．通过LOKI多点连锁分析，在标记FAM13A1-PPARGClA-SLC34A2处检测到305天产奶量QTL，且BF值在PPARGClA处达最大(BF=40.25)；在多个不同家系组合群体中检测到标记OPN处存在影响产奶量的QTL在标记CR-CEPl35之间以及标记M和STIM2之间也存在产奶量QTLs。对乳蛋白量的分析结果显示，标记PPMlK-FAM13A1和PPARGClA-SLC34A2处分别存在一个乳蛋白量QTL。乳脂量的QTLs被定位在标记STIM2-MBIP和标记UGDH-CR之间。在本研究群体中未检测到乳成分QTL。 3．关联分析结果显示，标记FAM13A1、PPARGClA、SLC34A2、OPN、CR、CEP135、M、STIM2、PPMlK、MBIP、UGDH分别对产奶量，乳脂量，乳蛋白量有极显著影响(p<0.01)。在最新的牛基因组序列图中，这些区段内除了标记STIM2-MBIP和CR-CEP135之间有相对大一些的gap以外，其他区段内均有详细的基因图谱，可以查找到此区段内所有已知基因。通过与BTA6上QTL定位的已有研究结果相比较，可以得出初步结论：在中国荷斯坦牛中，BTA6上的QTL可能是一因多效、或多因一效，标记OPN，PPARGClA、ABCG2和CR可能是BTA6上产奶量、乳脂量和乳蛋白量QTL的原因突变。

目录

文摘

英文文摘

论文说明：图表目录、附表目录

声明

第一章文献综述

第二章材料与方法

2.1试验材料

2.1.1试验动物

2.1.2性状的表型记录

2.1.3标记的寻找及选择

2.1.4主要试剂和溶液配置

2.1.5主要实验仪器

2.2试验方法

2.2.1牛全血(凝结血)基因组DNA的提取

2.2.2牛冻精基因组DNA的提取

2.2.3 PCR-RFLP

2.2.4利用ABI377测序仪进行片段长度多态判定

2.2.5 TaqMan分型

2.3数据整理与统计分析

2.3.1表型数据的数量遗传学分析

2.3.2连锁分析

2.3.4候选QTN分析

第三章结果与分析

3.1基因组DNA提取新方法

3.2新SNP的发现

3.3 SNP基因型检测

3.3.1酶切电泳检测

3.2 QTL连锁分析的结果与分析

3.2.1家系间分析结果

3.2.1 LOKI家系内分析结果

3.3 QTN与产奶性状的关联分析结果

第四章讨论与结论

4.1讨论

4.1.1关于试验设计

4.1.2关于SNP标记和QTL定位

4.1.3关于LOKI的多点连锁分析

4.1.4家系间分析和家系内分析对比

4.1.5候选QTN

4.2结论

参考文献

致谢

附录