大量核酸配列データの高速クラスタリング手法とその性能評価

摘要

標的分子と特異的に結合する核酸（アプタマー）は，Systematic Evolution of Ligands by Exponential enrichment (SELEX)法を用いて，ランダムに初期化された核酸ライブラリから実験的に選別される.SELEX法で得られた核酸ライブラリを次世代ゲノムシーケンサで読み取り，読み取った大量の核酸配列データから多数のアブタマー候補が得られるが，それらすベてを実験的に評価することはできない.そのため，類似する配列をクラスタ化し，その代表をアブタマーの候補配列とする必要がある.本稿では，大量核酸配列データに対して，高速にクラスタリングを行う手法を提案する.精度評価実験を通して，速度と精度における提案手法の有効性を示す.