次世代シーケンサ用のマッピングソフトウエアのGPGPUプロダラミング

摘要

次世代シーケンサで読み取ったデータをマツピングするソフトウェァBWAの一部を、処理時間を短縮するためにGPGPUでプログラミングした。実行時間はオリジナルのBWAより0.05秒だけ速くなり、計算部分のみ比較すると、1.4倍速くなつた。