猪流感病毒分离株的亚型鉴定与NA基因的种系进化分析

摘要

目的：本研究主要目的是监测近期猪流感病毒的感染情况及分子特征，为猪流感病毒的监控及防治提供参考。方法：对2009年9月-2011年1月期间来自北京、河北、山东、山西、浙江等7个省市送检的673份临床发病猪的肺脏样品进行猪流感病毒M基因和NS基因的RT-PCR检测，对阳性样品进行鸡胚传代，收集尿囊液进行H1，H3, H9，N1，N2亚型鉴定及其中13个分离株的NA基因克隆测序，对获得的NA全基因序列进行Blast搜索，与Genbank数据库中的相关序列用clustalX比对，应用phylip软件做种系进化树，用MegAlign进行核普酸序列同源性分析。结果：核苷酸同源性比较结果显示，相同基因型的H1N1亚型分离株之间NA基因核苷酸同源性为94.7%-99.9%，不同基因型之间NA基因核苷酸同源性为79.8%-81.1%。结论：通过对NA基因序列分析可得，5株类禽基因型毒株之间同源性为90.1%-99.4%，其中1株与2009年墨西哥大流行流感病毒亲缘关系最近，处于同一分支，核甘酸同源性达99.0%。