中国梨S-RNase基因启动子的TAIL-PCR克隆及功能预测

摘要

根据梨S-RNase基因的5 ′端保守序列设计3个反向特异引物,以中国砂梨(Pyrus pyri olia)品种金花、懋功及白梨(Pyrus Brestchneideri)品种鸭梨基因组DNA为模板,TAIL-PCR分别扩增出长度为854bp、1448bp和1137bp的S13-RNase、S12-RNase、S21-RNase基因启动子序列;利用PLACE和PlantCARE软件对其进行顺式调控元件预测发现,该启动子具有典型的TATA box和CAAT box,并位于转录起始位点的上游-33～-27bp及-78～-75bp处;此外,在核心启动子上游还存在光应答调控元件(Box4,I-box,G-box)、脱落酸应答元件ABRE、真菌诱导子应答元件Box-W1、赤霉素应答元件P-box、水杨酸应答元件TCA-element以及参与胚乳表达元件GCN4_motif等,由此可知该启动子可能受光照、脱落酸、真菌、赤霉素、水杨酸等多种条件的共同调节.Clustal X对S13-RNase、S12-RNase、S21-RNase基因启动子序列与日本梨S2-RNase、S3-RNase、S4-RNase、S5-RNase基因进行序列比对,发现SRNase启动子TATA盒上游存在一约200bp的同源区域,且这一区域内可能存在雌蕊特异表达顺式作用元件.MEG 4.0构建系统发育树表明梨属和苹果属SRNase等位基因多态性可能在亚科的分化之前就已形成.