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基于GPU的生物序列比对工具比较与评价

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生物序列比对是生物信息学研究中最基本的研究方法.随着生物序列数据的快速增长,大批量序列比对变得极为耗时.针对这个问题,许多已有的高性能计算技术开始用于加速序列比对过程,GPU计算就是其中之一.已有的基于GPU的生物序列比对工具过分强调速度提升,但是缺少对准确度,性能功耗比,性价比和编程复杂度等方面的考虑.本文通过文献分析的方法.从以上四个角度详细地比较了这些基于GPU的生物序列比对工具,并进一步分析了GPU用于生物序列比对的可用性.

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来源
《2012全国高性能计算学术年会》|2012年|1-5|共5页
会议地点张家界
作者
LIU Yang; 刘阳; MAO Yi-Qing; 毛逸清; WANG Xiao-Lei; 李江域; LI Jiang-Yu; 王小磊; ZHAO Dong-Sheng; 赵东升;
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作者单位

中国计算机学会;

中国软件行业协会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类生物工程学（生物技术）;
关键词
生物信息学; 序列比对; 性能功耗比; 图像处理器;

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