鸡传染性支气管炎病毒HH06株全基因序列测定分析

摘要

鸡传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是由鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitisvirus,IBV)引起的一种高度接触性、急性呼吸道传染病.目前该病在全世界传播流行广泛,给养禽业造成严重的经济损失.由于该病毒频繁出现基因的突变和重组现象,导致很多不同基因型和血清型毒株的出现,而且这些毒株间的交叉保护性较低,甚至不存在交叉保护性,因此分析IBV基因组的结构特点有助于对传染性支气管炎进行防控.本研究以IBV SC021202株作为参考毒株设计了20对引物,利用RT-PCR法对IBV HH06株的内部基因组序列进行分段扩增,同时利用RACE Kit试剂盒对基因组的非编码区5'UTR和3'UTR进行扩增,对扩增得到的所有片段进行克隆及序列测定.将测序结果进行拼接，并且利用DNAStar软件和MEGA5.0软件对其全进组及各个基因序列进行生物信息学分析。结果显示IBV HH06株全基因组由27663个核苷酸组成，具有典型IBV基因序列特征，含有10个完整的开放阅读框：5’-1a-1b-S-3a-3b-E-M-5a-5b-N-3’。对不同毒株的全基因组及各个基因的序列大小进行比较，发现各毒株间3a、3b、5a、5b和N基因长度最保守，序列大小一致；5’UTR、3b、E和M基因进化相对较保守，序列大小差异较小；基因的缺失和插入主要发生在1a、1b、S基因和3’UTR区域。同源性分析比对结果显示，HH06株与其它毒株全基因组的核苷酸同源性在84.5%-96.1%之间，其中与SC021202株同源性最高，而与BJ株同源性最低；各个基因同源性比较中5’-UTR、ORF1b、E、M、5a、5b和N基因同源性相对较高可达80%-99%。全基因组及各个基因序列的系统进化树分析显示，在所有系统进化树中HH06株始终与SC021202株具有较近的亲缘关系，而与Mass型毒株亲缘关系较远。