南瓜属EST-SSR标记的开发及在杂种纯度鉴定中的应用

摘要

为利用SSR标记进行快速、准确的南瓜杂交种纯度分析,本研究进行了南瓜EST-SSR标记的开发.从NCBI数据库下载1457条南瓜属作物EST序列,去除冗余序列后进行SSR位点搜索,共得到215条含有SSR位点的EST序列.这些SSR位点包含111种重复基元,其中二核苷酸(62个,占28.84％)和三核苷酸(86个,占40.0％)重复类型占主导地位；重复基元中出现最多的是CT(21个,占9.77％),其次为TC(13个,占6.05％)和AAG(12个,占5.58％).将215个SSR位点设计成EST-SSR引物后,随机合成了其中的43对引物.利用4份遗传背景差异较大的南瓜自交系对合成的43对引物进行扩增效果评价,其中28对引物有稳定清晰的扩增产物,占合成引物的65.12％.利用这些有效扩增引物对南瓜属作物商品杂交种进行纯度检测,共获得13个杂交组合的特异性检测引物,F1杂交种的纯度在79.2％～100.0％,与田问检测结果相符.以上结果表明,利用南瓜EST序列开发SSR引物具有简单快速、成本低和适用性好的特点.