咖啡种质资源SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

摘要

咖啡种质资源分布范围广,通过长期的种质引进、自然杂交和人工杂交繁殖,形成了极其丰富的咖啡基因资源.中国咖啡种质主要引自国外,由于种质引进过程中对国外种质遗传背景不甚了解,中国咖啡种质间亲缘关系及遗传差异等情况还不是十分清楚,加上引种途径混杂多样,容易出现种质同种异名、异名同种、种质混淆等情况,阻碍了中国咖啡种质资源的创新利用.本研究从512对咖啡种属特异性SSR分子标记引物中筛选出152对用于遗传多样性研究，对国内收集保存的包括小粒种、中粒种、大粒种在内的92份咖啡核心种质进行了遗传多样性分析。研究结果表明，大粒种、中粒种、小粒种咖啡种间存在较大遗传差异，种间平均遗传相似系数为0.764，聚类分析结果显示在相似系数0.8附近可以将三个种分开；大粒种、中粒种、小粒种种内遗传相似系数变化范围分别为：0.774～0.962、0.769～0. 94、0.72～0.997，种内平均遗传相似系数分别为：0.849、0.85、0.923，遗传差异较小，表明我国咖啡种质资源亲缘关系较近、遗传基础狭窄，特别是小粒种，大部分种质具有相似的遗传背景。这一方面与小粒种咖啡为白花授粉植物，相对异花授粉的中粒种和大粒种而言该物种种内遗传差异本身就较小有关，另一方面也与我国现有小粒种咖啡种质资源大多为国外引进的栽培种有关，今后应加强野生特异性种质资源的考察引进。在遗传多样性分析基础上利用12对SSR引物构建了92份咖啡核心种质的DNA指纹图谱，12对SSR引物共扩增出112个等位位点，平均每对引物9.3个，为我国咖啡种质资源保护利用及种貭鉴定提供了依据。