感病罗氏沼虾免疫通路关键基因的转录组分析

摘要

罗氏沼虾是重要的淡水养殖经济虾种之一,但近年来,由于螺原体感染造成罗氏沼虾的产量严重下降.因此,本文利用高通量测序技术和数字基因表谱等技术系统筛选感病罗氏沼虾免疫通路相关基因及其差异表达情况,探讨罗氏沼虾对螺原体感染的抗病机理.首先,通过RNA-seq测序技术构建健康和螺原体感染罗氏沼虾肝胰腺组织的转录组测序文库,利用Trinity拼接出基因33,450个,转录本43,405个;通过Blast比对发现有69％的unigene未得到任何注释;随后,通过功能聚集分析发现已知基因主要富集在新陈代谢途径和免疫系统信号的传导互作等通路中;利用数字基因表达谱分析得到表达基因23,929和24,325个,发现在螺原体感染的罗氏沼虾肝胰腺中显著(P＜0.05)上调、下调的基因分别有223和373个;最终,在肝胰腺mRNA转录组中挖掘出与Toll、IMD、JAK/STAT和MAPK四个发挥免疫功能的通路关键基因145个.本研究挖掘了罗氏沼虾对螺原体感染的有关免疫基因及生物学通路,有助于推进关于罗氏沼虾抗螺原体入侵免疫应答分子机制的研究,为制定合理有效的罗氏沼虾病害防治及罗氏沼虾养殖业的抗病育种提供分子和理论基础.