2015-2016年广西部分地区猪圆环病毒2型遗传进化分析

摘要

为了解广西地区猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)的毒株的遗传变异情况,本研究运用PCR技术对来源于不同地区、不同猪场且PCV2检测为阳性的样品进行全基因组序列的扩增和测序,共检测出34份阳性病料,共获得17株PCV2全基因序列,用Editseq软件进行拼接,全基因序列均为1767bp.本研究参考NCBI上发表的22株PCV2毒株和1株PCV1毒株的全基因序列,用MEGA5.0软件进行全基因进化树分析,在PCV2基因群中明显分为PCV2a、PCV2b、PCV2c三个基因型,其中16株毒株位于PCV2b上,和我国当前主要流行的毒株相同,说明PCV2b仍是广西主要流行的毒株.另外一株位于PCV2a上.所获的17株PCV2全基因核苷酸的同源性达94.4％～99.9％,与参考序列之间的同源性为94.2％～99.8％;17株PCV2ORF2核苷酸之间的同源性为89.3％～99.9％,与参考序列之间的同源性在88.0％～99.9％之间.17株PCV2ORF2推导的氨基酸之间的同源性在85.5％～99.6％之间,ORF2序列和参考毒株的ORF2推导的氨基酸同源性在83.8％～99.6％之间.说明广西区内流行的PCV2与国内外毒株间有较高的同源性.