一种改进Kalign比对质量的方法

摘要

多重序列比对在生物信息学中应用广泛，起着非常关键的作用。Kalign一种常见的多重序列比对算法，它使用Wu-Manber字符匹配算法来改善比对的质量和速度，对大量序列和距离较远的序列的比对有较明显的速度优势。然而由于对序列的距离估计不准导致比对的质量不高。本文提出了一种改进Kalign比对质量的算法，根据Kalign最初比对的结果，利用Scoredist方法计算出新的两两序列之间的距离，然后使用UPGMA方法构建向导树，再进行渐进比对，产生新的比对结果。重复这一过程，直到比对的SP得分不再改变或者达到一定迭代次数为止。用Balibase3.0进行测试，结果显示该算法较好的改进了Kalign的比对质量。