如皋鸡腿肌肌苷酸代谢关键调控基因的筛选

摘要

本次实验采用如皋鸡品种，分别在2,4,6,8,10,12周龄，屠宰6只雌性如皋母鸡采集腿肌样品。用HPLC方法分析肌苷酸含量。根据标准曲线测定样品IMP含量，结果使用SPSS16.0统计分析。部分腿肌样品进行RNA抽提和芯片杂交试验。芯片数据采用Gene Spring Software 11.5.1进行归一化处理，标准化后的数据筛选FC≥2的差异表达基因。基于KEGG数据库整合分析IMP代谢网络，使用Cytoscape 2.8.2对该网络进行初步的系统生物学分析。计算19个肌昔酸代谢直接相关基因与其他差异表达基因的pearson相关系数，并以≥0.9为筛选的标准获取与19个基因相关的探针。从NCBI批量下载全部共表达探针的序列。使用Blastx程序将批量获取序列与小鼠蛋白数据库进行比对。将比对结果中小鼠蛋白GI号转换为安捷伦的探针号，导人至Gene Spring中，利用Gene Spring中Pathway分析功能对探针进行Pathway分析。IMP测定结果表明，相比2周龄，4周龄显著升高，6周龄略微下降而后8周龄再次升高，10周龄时出现较为明显的下降，12周龄时又显著升高。IMP合成、利用和分解有直接相关的酶共有19个基因，共参与8个通路。将8个通路的图融合，经分析发现Nt5c3,Entpd8,Nme7,769958,Itpa,Hprt1,Rrml等基因的度合计超过了10。在FC≥2条件下筛选出的差异探针中计算19个基因的共表达探针。将这些共表达探针的序列与小鼠蛋白库比对获取小鼠对应基因的探针号，通过Genespring 11.5.1构建网络。选取度大于50的节点有:Fas, Srf,Plcgl ,Rasa1, Sparc ,Pakl。并进行对其进行GO和Pathway注释。