印度南瓜转录组SSR信息分析及其多态性研究

摘要

对印度南瓜(Cucurbita maxima)开展转录组测序分析,共获得131960条unigenes(90.80Mb),筛选得到12557个SSR位点(占总unigenes的9.51％),其发生频率为1/7.4kb;其中SSRs位点中主导类型为二核苷酸重复,占总SSRs的49.82％;其次是三核苷酸重复,其出现频率为45.31％.通过Primer5设计得到7290对SSR引物,随机选择20对SSR引物对30种不同来源的南瓜进行多态性验证分析,结果显示在14对可扩增产物的SSR引物中,11对引物表现稳定可重复的多态性,UPGMA多态性分析显示11对引物可将30份南瓜材料分为5类.研究表明通过对南瓜转录组分析可获得较高频率的SSR位点且类型丰富,为印度南瓜遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了候选标记.