条斑紫菜响应高温胁迫与低温胁迫差异表达基因比较分析

摘要

条斑紫菜是潮间带的典型模式物种。对条斑紫菜进行转录组测序以研究其适应温度变化的基因表达与调控。本研究中通过DGE方法比较研究条斑紫菜在高温胁迫、冷胁迫和冰冻胁迫下，调控生理、发育、生物化学相关基因的差异表达情况。本研究共设置4个实验组(每个实验组两个平行)，每个样品测序量在11.1-12.6M,剔除低质量序列得到约10.7-12.IM数据.以条斑紫菜的转录组作为参考序列，对不同处理组进行GO和KEGG分析.聚类分析结果显示，条斑紫菜响应高温胁迫与低温胁迫的基因表达模式不同。在对照组与高温组的比较中有2202个差异表达基因，其中1103个上调表达，1099个下调表达。在对照组与冷胁迫组的比较中有1334个差异表达基因，其中762个上调表达，572个下调表达。在对照组与冰冻胁迫组的比较中有592个差异表达基因，其中383个上调表达，209个下调表达。此外，研究结果阐释了条斑紫菜压力胁迫下的生理效应，例如，在热胁迫下，HSP表达量增加，而在寒冷胁迫下，FAD的表达量增加。此外，发现条斑紫菜对温度的适应机制不依赖于内源性激素。本研究中，发现了大量的差异基因，这些差异基因有利于更好的研究紫菜对潮间带环境的适应机制，同时为抗逆育种提供帮助。