鹿科7属MHC-DRA Exon 2变异及与Cyt b系统进化比较

摘要

本研究探讨了鹿科7属动物主要组织相容性复合体DRA(MHC-DRA)第二外显子的变异特点,揭示其分子水平上的进化选择模式,并与Cyt b的系统进化进行了比较.文章采用测序法,对鹿科7属动物DRA第二外显子序列进行比对和剪切,获得246bp的序列.研究结果表明,多态性位点数18个,独立变异位点13个.MHC-DRA第二外显子显示出较低的核苷酸变异,且7属有各自独特的变异位点;核苷酸多态性位点占总位点数的3.252％.MHC-DRA第二外显子共编码82个氨基酸序列,其多态位点占总氨基酸数的8.536％.氨基酸序列中抗原结合位点共计20个.其中,鹿科7属动物的氨基酸位点63,驼鹿属氨基酸位点18,是不同于马属和人属的抗原结合位点,推测鹿科动物可能有着不同的抗原结合模式.根据非同义替代率(Ka)和同义替代率(Ks)比值的计算结果,表明白唇鹿属和鹿属MHC-DRA第二外显子均为正向选择,其余5属均为纯化选择.对MHC-DRA第二外显子及Cyt b分别运用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯推论(BI)进行系统发育重建得到相似结果,形成了旧世界鹿类与新世界鹿类的姐妹类群.麂亚科Cyt b和MHC-DRA第二外显子的基因型可能是鹿亚科与其他亚科之间的过渡型,而气候变化和环境变迁可能是推动MHC-DRA第二外显子分化的潜在原因之一.