利用转录组和表达谱分析枇杷白肉突变体研究

摘要

果肉颜色是制约枇杷种类和果实品质口感的限制因素,秕杷根据果肉颜色不同分为黄肉枇杷和白肉枇杷,本研究以枇杷白肉突变型和野生型为材料,从果实转色到成熟分4个时期取样提RNA,利用RNA-Seq技术开展枇杷黄肉野生型和白肉突变型果实不同时期混合样本的转录组差异分析,并借助差异表达谱研究各个时期基因表达差异,探究枇杷白色果肉突变机制.结果:通过转录组测序,共获得9千多万条高质量的短序列,产生了61,587条unigenes约9.5Gbp的数据信息量.通过与NCBI蛋白质数据做blastx比对,44,406条Unigenes(72.1％)比对到Nr蛋白质数据库,31,528条(51.2％)比对到Swiss-Prot数据库.归类到GO、COG功能类别和123个经典KEGG代谢途径的已注释Unigenes分别有19,386,15,354和13,041个.表达谱分析表明,突变型相对野生型大部分基因的表达呈低-高-低-高趋势,根据GO注释,这些差异表达的基因主要集中于细胞过程,酶活以及细胞结构三个注释类中;根据KEGG注释,这些差异表达基因主要富集在氧化磷酸化,splicesome,VB6新陈代谢,内质网蛋白加工,RNA转运,柠檬酸盐循环,苯丙素生物合成,蛋白酶体,缬氨酸,亮氨酸和异亮氨酸生物合成及花生四烯酸新陈代谢途径.