厚壁毛竹重测序结果初报

摘要

利用二代测序技术进行了毛竹中唯一具有生物量增益的厚壁毛竹(Phyllostachys edulis ‘Pachyloen’)全基因重测序,获得约25G 基因组数据(25,400,174,880bp),平均测序读长为101 个碱基对,测序深度达12 倍.将该重测序数据与毛竹(Phyllostachys edulis)全基因组草图进行了全基因组比对分析,获得24,747,487,327 bp 匹配序列,匹配率达到97.43％,可信度78.67％,平均覆盖度为83.94％,未匹配率为0.32％.对此26GB 数据经行了生物信息学初步分析,在全基因组尺度上,检测得厚壁毛竹约110 万个单碱基多态性位点(1,094,509 个SNP),约6.2 万个插入/缺失位点(62,323 个InDel),发现约55.8 万个基因拷贝数变异(558,437 个CNV),其中加倍类型(Duplication)为158,185 个,缺失类型400,252 个.后继深入分析必将基础创新毛竹众多种质的分子基础研究,阐析不同品种的分子品性、基因家族、功能基因等遗传根基.