资阳香橙根cDNA全长文库的构建及EST分析

摘要

以资阳香橙根RNA为材料，采用SMART技术构建了cDNA全长文库并对其质最进行了鉴定。结果显示，该文库的库容量为4.8×105 pfu·mL-1，重组率为93％，文库插入片段大小主要集中在0.5～1.0 kb。从文库中随机挑取150个克隆进行5'端单向测序，去除载体序列及低质量的序列后，共获得有效长度大于150 bp的高质量ESTs(expressed sequence tags)序列118条。利用BioEdit软件对有效EST序列进行片段重叠群分析和拼接后，获得83个独立基因(Unigenes)，其中包括17个片段重叠群(Contigs)和64个独立的ESTs(Singlets)。通过与NCBI的非冗余核酸数据库进行tBLASTx比对，初步确定已知功能基因46个，未知功能基因31个，另有6个unigene未与数据库中序列匹配。该研究为进一步分离克隆资阳香橙根部功能基因奠定了基础。