ERIC-PCR和PFGE对大肠埃希菌由舍内向舍外传播的鉴定及两种方法的比较

摘要

为了深入认识鸡舍环境微生物气溶胶的产生及其向舍外环境的传播,同时比较ERIC-PCR和PFGE对细菌的基因分型结果,本研究以大肠埃希菌为指示菌,采用Andersen-6级空气微生物样品收集器,分别在两个鸡舍的舍内、舍外上风向 10 m和50 m和下风向 10、50、100、200、400 m的距离处收集空气样品,同时采集鸡的粪便,分离、鉴定大肠埃希菌.采用ERIC-PCR和PFGE两种方法对不同来源的大肠埃希菌分离株进行基因分型,根据每个采样点大肠埃希菌的相似性指数,确认动物舍内微生物气溶胶向舍外环境传播的模式,并比较这两种方法对大肠埃希菌的基因分型结果,分析这两种分子生物学分型方法各自的优缺点和适应性.本试验共采集到28株大肠埃希菌,ERIC-PCR和PFGE两种方法分别进行同源性鉴定显示,从鸡的粪便中分离到的大肠埃希菌与从舍内空气中分离到的部分大肠埃希菌(62.5%)具有相同来源;从鸡场舍外下风方向分离到的多数大肠埃希菌(20%)与舍内空气或粪便中分离的大肠埃希菌来源相同.而从鸡舍上风没有分离到大肠埃希菌,排除了下风向采得的大肠埃希菌来自上风向的可能.而很多从舍内空气和舍外下风方向分离到的大肠埃希菌与粪便中的具有相同来源,说明粪便中的细菌能够形成气溶胶,并且通过舍内外气体交换传播到舍外,依气象条件传播到舍外不同的距离.造成周边环境的生物污染以及病原微生物的扩散.本研究同时对ERIC-PCR和PFGE两种方法所得的分型结果进行了比较.PFGE的分辨率高于ERIC-PCR,而且PFGE的重复性也很高,不同试验室得出的结果可以相互比较,是细菌基因分型的"金标准".但是PFGE试验费用高,需要时间长,对试剂、仪器和操作都具有很高的要求;ERIC-PCR虽然分辨率不及PFGE,但是ERIC-PCR简单、快速,成本低,对操作和试剂以及仪器要求都不高,所以ERIC-PCR也可以对肠杆菌进行同源性鉴定,应用于流行病学调查和对气源性微生物传播的鉴定.由于ERIC-PCR和PFGE是根据DNA中不同的遗传特征进行分类的,所以这两种分型技术结合起来分析菌株的遗传进化关系,意义更大.