塞拉利昂埃博拉病毒的全基因组测序和进化分析

摘要

埃博拉病毒因1976年第一次发现于埃博拉河附近的村庄而得名.埃博拉病毒具有强烈的致病性,其生物安全等级为4级,在以往的疫情中病死率从25％到90％不等.2014年爆发于西非的埃博拉疫情是有史以来最大的一次疫情,其造成的感染人数和死亡人数超过了历次感染和死亡人数的总和.截至2015年9月18日已经造成2万8千余人感染,其中1万1千余人死亡,仅在在塞拉利昂就造成近4千人死亡.为积极配合国家援助西非埃博拉出血热疫情防控,我国政府派出移动实验室检测队与医疗队奔赴塞拉利昂,协助开展埃博拉病毒病的检测、留观与治疗.本文利用二代测序平台，对2014年9月至11月塞拉利昂疫情高峰期间的数百份阳性标本进行了高通量测序，获得 175份埃博拉病毒样本的全基因组序列，通过对这些全基因组测序进行分析，发现埃博拉病毒进入塞拉利昂之后遗传多样性急剧增加，出现多个病毒分支，而原有的部分病毒分支在传播过程中逐渐消亡；同时发现，虽然病毒遗传多样性快速增加，但变异速度并没有明显加快，而是保持着与以往的埃博拉病毒相似的变异速度，这一结论于2015年5月在线发表在Nature上，被随后相继发表于Science和Cell的几篇文章证实。这一结论打消了国际社会关于2014年埃博拉病毒加速变异的忧虑，增强了国际社会彻底铲除西非埃博拉疫情的决心和信心。由于测序数据取样时间跨度更长、样本量更大，因此结论更为可靠。本次大量的测序数据详尽展示了塞拉利昂埃博拉病毒的变异情况，为抗病毒药物和疫苗设计以及病毒现场检测提供了依据，也为进一步研究埃博拉病毒的生物学和病原学特征提供了基础数据。