一种基于蛋白环境描述小分子片段属性的指纹设计方法

摘要

本发明公开了一种基于蛋白环境描述小分子片段属性的指纹设计方法，其特点是该方法通过识别蛋白的口袋表层氨基酸原子，计算蛋白口袋原子和对接后的小分子的相互作用关系，及其对应的蛋白原子和小分子原子，设计两种不同描述小分子片段属性的指纹，一种是分别定义蛋白属性指纹和小分子属性指纹一一对应，通过寻找相似蛋白属性指纹找到相似的小分子属性指纹，另一种是根据蛋白环境设计描述整个分子的指纹，通过计算两组指纹的相似性判断两个小分子片段的相似性。本发明与现有技术相比具有快速生成两种指纹，将其应用于实际药物分子的设计和修改过程中，能够快速找到多个相似片段，生成多个新分子，有效的帮助药物化学家快速进行药物分子设计与修改。