简化线形柔性大分子动力学的仿真方法

摘要

一种简化线形柔性大分子动力学的仿真方法，从药物分子的药效基团或受体的活性部位入手，建立分子简化线形部分的具有“球-虚弹簧”结构的示意模型，模型中将线形部分一端固定在分子母体上，线形部分由球和虚弹簧相间连接而成，其中的球是将重原子及与之相连的轻原子的质量和转动惯量等效在一个原子上而得到的等效原子，等效原子间连接的虚弹簧同时具备弹簧和棒的特性。根据“球-虚弹簧”模型中原子间非共价键势及原子间作用力，建立柔性线形分子的横向伸缩、轴向扭转振动及线形摆动模型的运动方程，模拟线形生物受体大分子低能构象时存在的形态，可用于计算机辅助药物设计。