一种通过分子动力学模拟不同超声环境并在该环境下分析蛋白结构的方法

摘要

一种通过分子动力学模拟不同超声环境并在该环境下分析蛋白结构的方法：1)从蛋白质数据库获取一种蛋白质的晶体构型。2)选择力场，创建盒子。3)在所创立的盒子中添加离子中和系统，为了消除不合理的能量势垒，进行能量最小化。4)对上述建立的体系进行预平衡。5)预平衡结束后使用GROMACS软件对不同超声波条件下的提取的蛋白质进行模拟。6)通过不同的软件对模拟之后得到的轨迹文件进行处理，再结合可视化软件得到有关蛋白结构的数据图像。本发明通过上述方法，模拟结果与接近于实验结果，更加深入探究了超声波对蛋白结构及理化性质的影响。